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十年磨练

木虫 (正式写手)

[求助] 截断半径的选取已有2人参与

大家好,在此向大家请教一个困扰我很久的一个问题——截断半径的选取

大家在进行MD模拟时,对阶段半径的选取都有什么样的标准和原则?
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时刻保持虚心学习的态度
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十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by leijincheng at 2015-04-21 15:01:22
1.基本原则,不能大于盒子最小尺寸的一半;

2.用简单的势函数,例如LJ或者修正的LJ一般用12都已经很大了,复杂一点的势函数有些规定了不用自己设置,有些需要自己设置,10差不多

你说的单位是埃吧,一般你都是设多大呀?
时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-04-21 18:37:09
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查看全部 8 个回答

smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
十年磨练(月只蓝代发): 金币+3, 感谢指导 2015-04-21 14:14:23
本帖内容被屏蔽

2楼2015-04-21 10:05:41
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leijincheng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
十年磨练(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流. 正解 2015-04-22 07:34:18
1.基本原则,不能大于盒子最小尺寸的一半;

2.用简单的势函数,例如LJ或者修正的LJ一般用12都已经很大了,复杂一点的势函数有些规定了不用自己设置,有些需要自己设置,10差不多
一起面对?
3楼2015-04-21 15:01:22
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十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2015-04-21 10:05:41
一般12到15够了 取的越大计算量就越大

哦,我计算的是小分子体系 也是这样吗? 能不能设置小于10埃。如果盒子大小一般是边长为40左右的盒子,那么截断半径去多少合适呀?
时刻保持虚心学习的态度
5楼2015-04-21 21:30:57
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