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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 水盒子的建模问题
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4443223

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1楼 2015-03-15 05:30:27
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
4443223: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-16 09:21:21
4443223(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-21 09:39:27
构建整个体系的时候是通过Build Layer建成的吧，固体表面是一层，表活剂是一层（呃。。中间的有可能不是表活剂，我只是举个例子），最上面的水是一层。
我想问的是第一张图是文献上建好的初始模型还是跑完之后的模型？
如果是初始模型，那你可以直接让水层下移，将下面的包裹住；如果是跑完后的模型，你在建水盒子的时候，将中间的分子也添加到水盒子里，然后跑一下试试。
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用青春书写青春
3楼2015-03-16 08:37:00
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

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★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
4443223: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2015-03-16 22:57:35
abinitio: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-21 09:39:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by 4443223 at 2015-03-16 09:23:11
您好！谢谢您的回复。是初始模型，请问如何让水层下移？可以直接拖动水盒子么？不会出现水分子和下面的模型重叠到一起的情况？...

构建的整个体系水盒子应该是Layer 3（看你的模型），移动的时候要先选中Layer 3（也就是所有的水分子），这个可以通过Edit选项里面的Edit set来实现，选中之后通过Movement来移动，移动的方向和每步移动的距离都可以自己设置。
至于重叠不重叠都是自己移动的结果，关键是重叠或不重叠之后模型是否合理。
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用青春书写青春
5楼2015-03-16 22:02:44
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

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4443223: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2015-03-22 07:05:08
引用回帖:
10楼: Originally posted by 4443223 at 2015-03-21 08:05:36
麻烦请问packing是把一种往另一种里填充吧，怎么能让表面那一坨高分子恰好填到基底表面呢？还有，layer之间的距离怎么调呢？
我又追加了金币，谢谢了...

packing确实是想现有结构里填充新的结构
你可以试试more里的子选项：在等值面封闭的空间内填充
tools菜单里atom surface里可以计算connly surface，可以调节这个面距离表面的大小来控制填充分子到表面的距离

layer的话没什么很好的办法调，直接选中layer结构向下移动就是了
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11楼2015-03-21 21:43:35
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4443223

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2楼2015-03-16 00:09:57
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4443223

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4楼2015-03-16 09:23:11
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4443223

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6楼2015-03-16 23:03:37
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congtaiupc

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引用回帖:
6楼: Originally posted by 4443223 at 2015-03-16 23:03:37
还剩一个小问题，麻烦请问下如果不合理是否通过优化弛豫后能够自动调整到合理的状态？...

如果建模不合理就得重新考虑其它的建模方式了。
优化只是在这个模型的基础上使得体系的能量、构型更合理，但这只是体系一小部分的变动，他不会使得不合理的模型变得合理（有点治标不治本的意味哈~）
Blessing you！
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用青春书写青春
7楼2015-03-17 08:30:53
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

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★
4443223: 金币+1, ★★★很有帮助 2015-03-21 08:01:12
初始模型不是通过build layer构建的，而应该是AC模块里的packing任务
从你的图里也看不出真空层，只是layer之间的间距
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8楼2015-03-18 12:52:26
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4443223

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9楼2015-03-21 08:01:45
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4443223

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10楼2015-03-21 08:05:36
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