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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 水盒子的建模问题
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4443223

禁虫 (小有名气)
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1楼 2015-03-15 05:30:27
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4443223

禁虫 (小有名气)
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4楼2015-03-16 09:23:11
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4443223

禁虫 (小有名气)
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2楼2015-03-16 00:09:57
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
4443223: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-16 09:21:21
4443223(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-21 09:39:27
构建整个体系的时候是通过Build Layer建成的吧，固体表面是一层，表活剂是一层（呃。。中间的有可能不是表活剂，我只是举个例子），最上面的水是一层。
我想问的是第一张图是文献上建好的初始模型还是跑完之后的模型？
如果是初始模型，那你可以直接让水层下移，将下面的包裹住；如果是跑完后的模型，你在建水盒子的时候，将中间的分子也添加到水盒子里，然后跑一下试试。
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用青春书写青春
3楼2015-03-16 08:37:00
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
4443223: 金币+6, ★★★★★最佳答案 2015-03-16 22:57:35
abinitio: 金币+2, 鼓励交流 2015-03-21 09:39:59
引用回帖:
4楼: Originally posted by 4443223 at 2015-03-16 09:23:11
您好！谢谢您的回复。是初始模型，请问如何让水层下移？可以直接拖动水盒子么？不会出现水分子和下面的模型重叠到一起的情况？...

构建的整个体系水盒子应该是Layer 3（看你的模型），移动的时候要先选中Layer 3（也就是所有的水分子），这个可以通过Edit选项里面的Edit set来实现，选中之后通过Movement来移动，移动的方向和每步移动的距离都可以自己设置。
至于重叠不重叠都是自己移动的结果，关键是重叠或不重叠之后模型是否合理。
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用青春书写青春
5楼2015-03-16 22:02:44
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