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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 水盒子的建模问题
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4443223

禁虫 (小有名气)
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1楼 2015-03-15 05:30:27
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xujc1983

木虫 (著名写手)

苦逼青椒一枚

【答案】应助回帖

★ ★ ★
4443223: 金币+3, ★★★★★最佳答案 2015-03-22 07:05:08
引用回帖:
10楼: Originally posted by 4443223 at 2015-03-21 08:05:36
麻烦请问packing是把一种往另一种里填充吧，怎么能让表面那一坨高分子恰好填到基底表面呢？还有，layer之间的距离怎么调呢？
我又追加了金币，谢谢了...

packing确实是想现有结构里填充新的结构
你可以试试more里的子选项：在等值面封闭的空间内填充
tools菜单里atom surface里可以计算connly surface，可以调节这个面距离表面的大小来控制填充分子到表面的距离

layer的话没什么很好的办法调，直接选中layer结构向下移动就是了
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11楼2015-03-21 21:43:35
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4443223

禁虫 (小有名气)
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2楼2015-03-16 00:09:57
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
4443223: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-16 09:21:21
4443223(abinitio代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-03-21 09:39:27
构建整个体系的时候是通过Build Layer建成的吧，固体表面是一层，表活剂是一层（呃。。中间的有可能不是表活剂，我只是举个例子），最上面的水是一层。
我想问的是第一张图是文献上建好的初始模型还是跑完之后的模型？
如果是初始模型，那你可以直接让水层下移，将下面的包裹住；如果是跑完后的模型，你在建水盒子的时候，将中间的分子也添加到水盒子里，然后跑一下试试。
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用青春书写青春
3楼2015-03-16 08:37:00
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4443223

禁虫 (小有名气)
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4楼2015-03-16 09:23:11
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