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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

[交流] 一个细菌的基因组草图可与另一株菌的全基因组比较相似性吗?

一个细菌的基因组草图(draft genome sequence)如何与另一株细菌的全基因组(whole genome sequence)比较相似性?
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
内容已删除
2楼2015-03-11 22:40:20
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nanhu1984

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
https://www.microbialgenomic.cn/
3楼2015-03-12 14:57:47
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by nanhu1984 at 2015-03-12 14:57:47
MUAVE (http://asap.genetics.wisc.edu/software/mauve/)

一株菌的基因草图序列与一株菌的全基因组序列如何比较相似性?,基因草图含有100条序列。(PS:不是一条一条的分别比对)
www------sr-------------
4楼2015-03-13 10:22:56
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王丹2013

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
贤愚Libra(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-13 23:48:19
可以先直接做个核苷酸相似度(ANI)分析,再用CGview Comparison Tool软件画一个两个基因组的比较图,还可以用MCL软件分析这两个基因组的共有基因和特异基因
5楼2015-03-13 11:13:51
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
路过的看了一下,帮顶,新春快乐!~~~~~~~~~~~~~~~~~~
自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
6楼2015-03-13 11:20:25
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7楼2015-03-13 11:52:21
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顶一下
8楼2018-05-03 21:01:43
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送红花一朵
顶一下
9楼2018-05-03 21:01:51
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