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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：计算两个原子之间的距离
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珍维永久

金虫 (小有名气)

[求助] 求助：计算两个原子之间的距离 已有2人参与

各位大侠：
       请问有谁知道Discovery Studio软件能否计算两个化合物特定构象中两个原子之间的距离呢？(其中两个化合物的空间位置是一定的），如果能计算，该怎么计算呢，能否告诉具体步骤呢？不胜感激！
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1楼 2015-02-27 15:28:00
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飓风gt

金虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2015-02-28 15:25:42
能不能建坐标系

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感谢木虫子当我红娘
2楼2015-02-27 15:36:19
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xuxm03

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这个不需要DS，放在纸上自己拿笔应该可以算的，或者计算器算得准一点。再不成贴到excel里。搞不懂为啥计算个距离还要用DS
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3楼2015-02-27 20:05:53
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飓风gt at 2015-02-27 15:36:19
能不能建坐标系

DS可以建坐标系吗？

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4楼2015-02-27 20:37:24
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xuxm03 at 2015-02-27 20:05:53
这个不需要DS，放在纸上自己拿笔应该可以算的，或者计算器算得准一点。再不成贴到excel里。搞不懂为啥计算个距离还要用DS

其中一个化合物是对接到蛋白中的，另一个化合物是蛋白上的一个自身配体，想计算这两个化合物中两个原子的距离，请问这怎么计算呢？

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5楼2015-02-27 20:41:22
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
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6楼2015-02-28 03:46:25
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飓风gt

金虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ChemiAndy at 2015-02-28 03:46:25
{r=\sqrt{(X_1-X_2)^2+(Y_1-Y-2)^2+(Z_1-Z_2)^2}}

还是要建系

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感谢木虫子当我红娘
7楼2015-02-28 07:13:27
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珍维永久

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by ChemiAndy at 2015-02-28 03:46:25
{r=\sqrt{(X_1-X_2)^2+(Y_1-Y-2)^2+(Z_1-Z_2)^2}}

请问DS中怎么建系呢？
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8楼2015-02-28 13:33:13
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飓风gt

金虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 珍维永久 at 2015-02-28 13:33:13
请问DS中怎么建系呢？...

试试material studio

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感谢木虫子当我红娘
9楼2015-02-28 19:27:10
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用pymol软件计算吧，在同一个界面中打开两个配体，直接测定就好了！
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10楼2015-03-02 11:02:08
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