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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯计算中的原子分层问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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sujialing

木虫 (小有名气)

[求助] 高斯计算中的原子分层问题 已有2人参与

有人用过高斯里面的原子分层吗？
我最近在做，遇到一些问题，我参照高斯里面给的那个例子做的，我想着也把负电荷集中到配体上，但是总是出错，我没想明白哪里错误。改了几次还是不行。一下是我的输入文件，
%chk=5_C2v.chk
%mem=8GB
%nprocshared=4
#p pbe1pbe/cc-pvtz guess=(only,fragment=6) geom=connectivity 5d

Title Card Required

-3 5 2 1 -1 1 -1 1 -1 1 -1 1 -1 1
O(Fragment=1)  
Fe(Fragment=1)     1            B1
F(Fragment=2)      2            B2    1            A1
F(Fragment=3)      2            B3    1            A2    3            D1    0
F(Fragment=6)      2            B4    1            A3    3            D2    0
F(Fragment=5)      2            B5    1            A4    3            D3    0
F(Fragment=4)      2            B6    3            A5    1            D4    0
。。。。。
报错提示：
End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in /home/liuk/Soft/g09/l101.exe
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越努力，越幸运！
1楼 2014-01-14 16:00:51
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jyzhao1981

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sujialing: 金币+2 2014-01-15 14:03:13
End of file reading connectivity.，你把关键词那一行中的geom=connectivity删掉看看
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人生需要多少等待？
2楼2014-01-14 17:19:21
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sujialing

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jyzhao1981 at 2014-01-14 17:19:21
End of file reading connectivity.，你把关键词那一行中的geom=connectivity删掉看看

我试过了，不加那个也不行。
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越努力，越幸运！
3楼2014-01-14 18:15:55
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sujialing: 金币+3 2014-01-15 14:05:29
不加geom=connectivity是报什么错误？
另外把F的层号按递增排序有没有试过？
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4楼2014-01-15 08:16:01
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

还有一个办法是把你的gjf放到GV里看看出来的分子是怎么样的
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5楼2014-01-15 08:19:01
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sujialing

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-01-15 08:16:01
不加geom=connectivity是报什么错误？
另外把F的层号按递增排序有没有试过？

报错信息是一样的，我实在是整不明白了。我试着把每个F都分成一层，来将负电荷控制在F上，也不行，就出现FileIO错误了。我已经晕了....
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越努力，越幸运！
6楼2014-01-15 14:05:16
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sujialing at 2014-01-15 14:05:16
报错信息是一样的，我实在是整不明白了。我试着把每个F都分成一层，来将负电荷控制在F上，也不行，就出现FileIO错误了。我已经晕了.......

把你的完整的输入文件贴出来看看
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7楼2014-01-15 17:01:22
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sujialing

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2014-01-15 17:01:22
把你的完整的输入文件贴出来看看...

好的， 这个是单重态的，一直是FileIO错误。
%chk=1_F_C4v.chk
%mem=8GB
%nprocshared=4
#p PBE1PBE/cc-pvtz  guess=(fragment=2,only)  pop=none  scf=nosymm 5d

Title Card Required

-3 1 2 1 -5 1
O(Fragment=1)  
Fe(Fragment=1)     1            B1
F(Fragment=2)      2            B2    1            A1
F(Fragment=2)      2            B3    1            A2    3            D1    0
F(Fragment=2)      2            B4    3            A3    1            D2    0
F(Fragment=2)      2            B5    1            A4    3            D3    0
F(Fragment=2)      2            B6    1            A5    3            D4    0

   B1             1.61847975
   B2             2.20393072
   B3             2.20393072
   B4             2.16220552
   B5             2.20393072
   B6             2.20393072
   A1            88.87070187
   A2            88.87070187
   A3            91.12929813
   A4            88.87070187
   A5            88.87070187
   D1           -90.00000000
   D2          -180.00000000
   D3          -180.00000000
   D4            90.00000000
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越努力，越幸运！
8楼2014-01-16 09:14:26
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lily_13

金虫 (初入文坛)
我也想学习gaussian
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9楼2014-01-16 10:22:18
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
★
gmy1990: 金币+1 2014-01-17 00:42:42
引用回帖:
8楼: Originally posted by sujialing at 2014-01-16 09:14:26
好的， 这个是单重态的，一直是FileIO错误。
%chk=1_F_C4v.chk
%mem=8GB
%nprocshared=4
#p PBE1PBE/cc-pvtz  guess=(fragment=2,only)  pop=none  scf=nosymm 5d

Title Card Required

-3 1 2 1 -5 1
  ...

#p PBE1PBE/cc-pvtz guess=(fragment=2,only) pop=none scf=nosymm 5d

Title Card Required

-4 2 1 2 -5 1
O(Fragment=1)  
Fe(Fragment=1)     1            B1
F(Fragment=2)      2            B2    1            A1
F(Fragment=2)      2            B3    1            A2    3            D1    0
F(Fragment=2)      2            B4    3            A3    1            D2    0
F(Fragment=2)      2            B5    1            A4    3            D3    0
F(Fragment=2)      2            B6    1            A5    3            D4    0

B1             1.61847975
B2             2.20393072
B3             2.20393072
B4             2.16220552
B5             2.20393072
B6             2.20393072
A1            88.87070187
A2            88.87070187
A3            91.12929813
A4            88.87070187
A5            88.87070187
D1           -90.00000000
D2           -180.00000000
D3           -180.00000000
D4            90.00000000

我改成这样不会报结构和输入的错误，只是最后会说你所用的方法算不了
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10楼2014-01-16 11:28:05
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