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lchhct

新虫 (小有名气)

[求助] 高斯view怎么打开分子轨道

打不开这个fchk文件的分子轨道，同时算的几个没有分子筛笼的分子都可以，不知道是不是由于有分子筛笼，希望能得到大家的帮助，谢谢啦！

已经排出了用到的两个基组的影响。不知道怎么样才能看到，只要看到high layer部分的分子轨道就好。
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1楼 2012-08-16 10:18:33
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zeolitedft

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
正常应该可以打开, 不会受分子筛笼的影响. 检查一下:1)总原子个数是否超过300个? 2)优化是否正常结束并收敛?
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2楼2012-08-16 16:49:51
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lchhct

新虫 (小有名气)
问题补充：Surface/Contours... 是灰色的。
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3楼2012-08-16 17:05:37
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lchhct

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zeolitedft at 2012-08-16 16:49:51
正常应该可以打开, 不会受分子筛笼的影响. 检查一下:1)总原子个数是否超过300个? 2)优化是否正常结束并收敛?

总共有217个原子，优化正常结束。我用的gv版本是5.0.8，优化正常结束。使用的命令是# opt freq oniom(m062x/6-31+g(d):am1) geom=connectivity
有分子筛笼的都打不开。
问一下：超过300个就打不开了吗？
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4楼2012-08-16 17:10:39
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zeolitedft

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
lchhct: 金币+10, ★★★★★最佳答案, 感谢你的帮助。 2012-08-17 10:58:58
如果正常结束就不是原子个数问题. fchk文件太大不好下, 把log文件最后几行传上来帮你看下. 另外,fchk文件打开后要在分子轨道选项中计算你想要的轨道,然后才显示. 你确定你可以看到小分子的轨道?
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5楼2012-08-16 17:27:00
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lchhct

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zeolitedft at 2012-08-16 17:27:00
如果正常结束就不是原子个数问题. fchk文件太大不好下, 把log文件最后几行传上来帮你看下. 另外,fchk文件打开后要在分子轨道选项中计算你想要的轨道,然后才显示. 你确定你可以看到小分子的轨道?

确定可以看到小分子的轨道。这个大分子是根本连Surface/Contours... 都是灰色的。log最后结尾就是正常的一句名言啊。。。其他什么都没有问题，就是fchk打开不能点Surface/Contours... 了。
这是log文件最后几行：
ALMOST ANYTHING IS EASIER TO GET INTO THAN OUT OF.

                         -- AGNES ALLEN'S LAW FROM
                PAUL DICKSON'S "THE OFFICIAL RULES"
Job cpu time:  0 days  8 hours 56 minutes  9.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=  32380 Int=      0 D2E=      0 Chk=     97 Scr=      1
Normal termination of Gaussian 09 at Wed Aug 15 10:05:10 2012.

顺便再问一下能否只看high layer部分的分子轨道。

如果可以的话麻烦下载一下文件，谢谢啦！
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6楼2012-08-16 18:36:26
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zeolitedft

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

搞不懂你的文件为什么会出现这种情况. 我们做过的,可以看到轨道,而且都是高层的,因为高层才用DFT处理,所以可以看到轨道. 等网络不忙时下载你的fchk文件,看看再说吧
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7楼2012-08-16 20:32:04
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lchhct

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by zeolitedft at 2012-08-16 20:32:04
搞不懂你的文件为什么会出现这种情况. 我们做过的,可以看到轨道,而且都是高层的,因为高层才用DFT处理,所以可以看到轨道. 等网络不忙时下载你的fchk文件,看看再说吧

好的，谢谢啦！不过我的分层低层的半经验方法处理的小分子也可以看到分子轨道。我真是崩溃了。正在整理论文需要这个轨道图。麻烦你啦。
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8楼2012-08-16 21:28:43
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zeolitedft

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by lchhct at 2012-08-16 21:28:43
好的，谢谢啦！不过我的分层低层的半经验方法处理的小分子也可以看到分子轨道。我真是崩溃了。正在整理论文需要这个轨道图。麻烦你啦。...

可以做的 这是做出的 homo轨道
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9楼2012-08-17 09:07:45
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lchhct

新虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by zeolitedft at 2012-08-17 09:07:45
可以做的 这是做出的 homo轨道
44/18/970157_1345165653_378.jpg
...

是的，我想得到的就是这个图，可是我的文件打开后surfaces是灰色的不能点啊。。。不知道你是否知道为什么。
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10楼2012-08-17 10:51:56
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