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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 个人文集 » 【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法
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beefly

专家顾问 (职业作家)

[资源] 【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法

第一步：获取Chemcraft。
下一个Chemcraft 1.6：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987

或者去主页下一个试用版也可以：
http://www.chemcraftprog.com

第二步：计算。
用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）：

#p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread)

test

0 1
Ar
H 1 1.33
F 1 1.95 2 180.

$nbo plot $end

这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。

第三步：打开NBO文件。
用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。

第四步：显示NBO。
在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。

Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。

第五步：把NBO保存为cube文件。
如果买了Chemcraft，就可以在论文里直接用它产生的精美图片了（不贵，对windows，linux分别是$105和$65）。如果没有买，就需要保存cube文件，并用其他软件显示。

找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。
cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。

如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:37 ]
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1楼2009-10-09 00:57:46
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abbott

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手
谢谢分享
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2楼2009-10-09 08:17:31
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erylingjet

铁杆木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

NBO轨道是什么?
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3楼2009-10-09 10:00:41
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beefly

专家顾问 (职业作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 21:23
see
http://www.chem.wisc.edu/~nbo5/
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4楼2009-10-09 13:15:29
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loovfnd

至尊木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

挺好的
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5楼2009-10-09 13:16:13
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

★★★ 三星级,支持鼓励

★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 10-9 21:24
看NBO的31-41FILE还是很方便的，可惜是看不了47FILE。要是哪位大侠给指出一条NBOVIEW1.0的下载之路，那对NBO分析可就....了。
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6楼2009-10-09 13:37:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-10-9 13:37:
看NBO的31-41FILE还是很方便的，可惜是看不了47FILE。要是哪位大侠给指出一条NBOVIEW1.0的下载之路，那对NBO分析可就....了。

老听说这个软件
但是从来没见过
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7楼2009-10-09 13:38:25
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 21:24
看资料说NBO5.0W利用47FILE还可以作很多指定分析，如判断两种异构体存在的分配比例等。可是就算算出来了，没有NBOVIEW1.0也无法看结果啊。
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8楼2009-10-09 13:45:22
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lgn

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

多谢分享！
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10楼2009-10-10 08:22:49
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xiaogouzi

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习了，强
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11楼2009-10-10 09:37:09
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hzx13422

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

赞一个，虽然不知道是个什么东东
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13楼2009-10-10 18:52:40
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 22:41
引用回帖:
Originally posted by hzx13422 at 2009-10-10 18:52:
赞一个，虽然不知道是个什么东东

弄个图给你看看吧。
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14楼2009-10-10 19:34:34
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sandf

木虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 22:41
From CCL: http://www.ccl.net/chemistry/res ... .011-dir/index.html
CCL:G: Visualizing NBO

--------------------------------------------------------------------------------

From: Ralf Tonner
Subject: CCL:G: Visualizing NBO
Date: Thu, 05 Apr 2007 22:26:49 +0200

--------------------------------------------------------------------------------

Sent to CCL by: Ralf Tonner [tonner]=[chemie.uni-marburg.de]
Dear chunyi,

I do not know if these programs are able to do this but Molekel shows this capability (www.cscs.ch/molekel) - at least the "old" version 4.3.

You have to conduct the Gaussian03/NBO-calculation and include "pop=nboread" and "gfoldprint" in the input-section. After the molecule specification you have to add the following lines:
        $NBO
        plot
        $END
which will be read by the built-in NBO-module.

You will find several files in your directory after the calculation has finished.
FILE.37 is the one with the NBOs.

Then you have to modify the Gaussian03-Output slightly as described earlier on this list: Replace "Gaussian 03" by "Gaussian 98" in the lines following the Gaussian reference list:
Before change:
******************************************
  Gaussian 03:  SYSTEM 13-Oct-2005
                 DATE
  ******************************************
After change:
*****************************************
  Gaussian 98:  SYSTEM 13-Oct-2005
                 DATE
  ******************************************

Now, you can open the G03-output with molekel and choose in the menu "Load --> nbo orb" the respective FILE.37. The option "Compute --> Orbital" gives a menu where you can choose the desired orbital for visualization. Ordering is equivalent to the NBO-summary section in the Gaussian-Output.
Hope this helps
Ralf.
Chun-Yi Sung juneyi1#,#yahoo.com.tw schrieb:

Sent to CCL by: "Chun-Yi  Sung" [juneyi1-$-yahoo.com.tw]

Hi,
     I did some NBO analysis with G03, and I wonder if there

is a way I can visualize those natural bond orbitals with GaussView or I should go for other visualization software like
NBOview.
thanks

chunyi>

version 4.3 下载链接：http://www.brsbox.com/filebox/do ... 4624b53779bafa79b4f
刚看到更详细的，可以看，但不知道结果是否对，望有经验的能给测试一下。http://59.77.33.35/cgi-bin/topic ... how=0&man=qchem

[ Last edited by sandf on 2009-10-10 at 21:10 ]
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15楼2009-10-10 20:28:44
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sandf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by beefly at 2009-10-9 00:57:
第三步：打开NBO文件。
用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。

我的这一步不能跳出“Additional files for NBO visulization”对话框，不知道怎么回事，有人有同样的问题吗？
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16楼2009-10-10 21:46:29
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nono2009

超级版主 (文学泰斗)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

不懂。但支持原创。
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17楼2009-10-11 00:09:04
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beefly

专家顾问 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by sandf at 2009-10-10 21:46:


我的这一步不能跳出“Additional files for NBO visulization”对话框，不知道怎么回事，有人有同样的问题吗？

可能是1.6以下的某个版本？低版本还显示不了nbo
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18楼2009-10-11 04:50:35
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sandf

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by beefly at 2009-10-11 04:50:


可能是1.6以下的某个版本？低版本还显示不了nbo

我按照你的做法用的是最新版1.6b315，你提供的版本b304我也用了，都不行，真是很郁闷。难道是因为我的NBO计算结果数据是 NBO3.1（Gaussian） 里带的？ 楼主能把你的Gaussian输出数据传我一份吗？我测试一下
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19楼2009-10-11 08:34:08
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-11 13:27
引用回帖:
Originally posted by sandf at 2009-10-11 08:34:


我按照你的做法用的是最新版1.6b315，你提供的版本b304我也用了，都不行，真是很郁闷。难道是因为我的NBO计算结果数据是 NBO3.1（Gaussian） 里带的？ 楼主能把你的Gaussian输出数据传我一份吗？我测试一下

用高斯3.0算的，只要设置的正确，可以打开31-40FILE.
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20楼2009-10-11 10:26:28
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beefly

专家顾问 (职业作家)
★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 10-11 13:27
如果只为画nbo，用nbo3.1产生的31-40号文件已经足够了，gaussian输出文件用不到。“NBO output”可以空着。

这说明，nbo文件并不需要通过gaussian计算产生。例如，pc-gamess自带的nbo 4.x/5.x，或是独立的gennbo程序（.47文件第二行需要加上plot选项），产生的31-40号文件都能用chemcraft显示。只不过高版本的nbo不再是免费了。

关于chemcraft的一个小技巧：按住鼠标右键并移动鼠标，可以任意转动分子和轨道。
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21楼2009-10-11 10:59:50
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sandf

木虫 (正式写手)
谢谢各位了，原来是本人大意了，这个软件要直接打开File.31  文件才行，而我为了验证NBO5.0里教程的例子，直接打开File.37 NBO，导致没有跳出那个对话框。
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22楼2009-10-11 11:37:39
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wang0912302

铁虫 (正式写手)

老大你好

引用回帖:
Originally posted by yytsnake at 2009-10-09 13:37:32:
看NBO的31-41FILE还是很方便的，可惜是看不了47FILE。要是哪位大侠给指出一条NBOVIEW1.0的下载之路，那对NBO分析可就....了。

老大你好，我是研一的，现在想学习NBO方面的知识，你能给我传一份资料吗？比如分析G03的NBO结果的软件？？万分感谢啊！
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24楼2010-04-23 09:37:16
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狼外婆

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持原创！~
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25楼2010-04-23 22:49:44
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dragonli

金虫 (小有名气)
珍藏了，谢谢
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26楼2010-04-28 17:01:22
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spring965

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

虽然还没有实践，但感觉应该可以解决很多问题
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27楼2010-05-04 08:08:17
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ds871820

铁杆木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢！对我很有用，我一直想找这个！
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28楼2010-05-05 09:51:39
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heyo_123

至尊木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

好贴！！！
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30楼2010-05-07 09:13:04
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lonewolf659

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

3q，学习中啊。
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32楼2010-06-25 18:30:28
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sjzxbe

木虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

学习了，谢谢 ，
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33楼2010-08-05 09:42:54
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llhxaustin

木虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

推荐一下哦
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34楼2010-08-14 09:46:14
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小红豆

主管区长 (知名作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

鼓励原创！支持。继续！
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35楼2010-08-14 20:16:31
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吴大为

至尊木虫 (著名写手)

★★★ 三星级,支持鼓励

学习了，谢谢。
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36楼2010-10-08 08:16:35
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dewpoint

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

Thank you very much! It is very helpful!!
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37楼2011-03-07 18:40:27
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迷茫的小飞侠

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

  值得学习  谢谢分享
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38楼2011-09-28 17:32:50
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drasgum

金虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习了，谢谢！
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39楼2011-09-28 22:19:41
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emmaxue

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

多谢分享
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40楼2011-10-11 15:31:24
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syntheovo

新虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

%chk=E:\NEW NBO\A1\opt freq mp2 nbo A1_pyran.chk
# opt mp2/6-31++g(d,p) gfinput pop(full,nboread)

Opt Freq NBO A1_Pyran

0 1
C                 -1.57408500   -0.86495800   -0.59817600
C                 -0.62276600   -1.38195800    0.48009900
C                  0.55735100   -0.44263200    0.65876300
C                 -1.95830500    0.58171600   -0.28989800
C                 -0.70624500    1.42496100   -0.11512200
H                 -1.08253600   -0.91556000   -1.57255400
H                 -1.14473500   -1.43942100    1.43888900
H                 -2.54283900    0.62245300    0.63366300
H                 -0.93854500    2.43762300    0.21128300
H                 -2.46311700   -1.49730100   -0.64728300
H                 -0.24427900   -2.37664300    0.23908300
H                 -2.57186500    1.00505200   -1.08974000
H                 -0.14728800    1.47568000   -1.05552100
O                  0.14219400    0.89304800    0.92064100
H                  1.16372300   -0.70292200    1.53382200
O                  1.34319200   -0.52951400   -0.51435200
C                  2.55300300    0.22607100   -0.42140500
H                  3.10137600    0.03405500   -1.33956500
H                  2.34704200    1.29269000   -0.32479500
H                  3.14625200   -0.10317600    0.43684000

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 10 1.0
2 3 1.0 7 1.0 11 1.0
3 14 1.0 15 1.0 16 1.0
4 5 1.0 8 1.0 12 1.0
5 9 1.0 13 1.0 14 1.0
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16 17 1.0
17 18 1.0 19 1.0 20 1.0
18
19
20

$nbo plot $end

楼主，为什么我计算出来的的文件没有FILE.31~.41文件呢?
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41楼2011-10-27 18:18:31
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syntheovo

新虫 (初入文坛)
哦，对不起，已经找到了，谢谢。
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42楼2011-10-27 18:20:39
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kexueshi

木虫 (正式写手)

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感谢分享，正在学习NBO分析呢
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43楼2011-11-10 11:03:24
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李东奇

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢分享，我想请教下，按照你的说明，我用了你的例子测试，没有问题，可是用我自己的体系时，却发现flie37和file38文件为空，不明白原因啊，请您不吝赐教!谢谢！
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44楼2011-12-06 20:16:19
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李东奇

金虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by beefly at 2009-10-09 00:57:46:
第一步：获取Chemcraft。
下一个Chemcraft 1.6：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987

或者去主页下一个试用版也可以：
http://www.chemcraftprog.com

第二步：计算 ...

感谢分享，我想请教下，按照你的说明，我用了你的例子测试，没有问题，可是用我自己的体系时，却发现flie37和file38文件为空，不明白原因啊，请您不吝赐教!谢谢！
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45楼2011-12-06 20:26:55
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
1楼: Originally posted by beefly at 2009-10-09 00:57:46:
第一步：获取Chemcraft。
下一个Chemcraft 1.6：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987

或者去主页下一个试用版也可以：
http://www.chemcraftprog.com

第二步：计算。
用gaussian产生nbo轨 ...

请问楼主，要是我想直接用GView产生自己想要的NBO轨道的合并之后的NBO轨道图的话，应该怎么做呢？
我现在已经在结果文件中找到了想画的轨道，一起显示出来了，但是苦恼的是，不知道如何可以将所有的单个的轨道合并到一个图中，显示为一个总图，望楼主指导、、、、不胜感激，正在苦恼中，谢谢
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48楼2012-03-03 11:00:26
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liuying287

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49楼2012-03-12 15:15:52
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龙之心9楼
2009-10-09 19:21   回复  
 
xuexiaosong12楼
2009-10-10 12:16   回复  
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qzhaosdu23楼
2010-04-02 17:20   回复  
 
李许诺29楼
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siestawyf31楼
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Quan.46楼
2011-12-07 06:25   回复  
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Quan.47楼
2011-12-07 06:31   回复  
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BZ1123450楼
2012-11-26 17:07   回复  
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