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【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法
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第一步：获取Chemcraft。 下一个Chemcraft 1.6： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987 或者去主页下一个试用版也可以： http://www.chemcraftprog.com 第二步：计算。 用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）： #p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread) test 0 1 Ar H 1 1.33 F 1 1.95 2 180. $nbo plot $end 这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。 第三步：打开NBO文件。 用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。 第四步：显示NBO。 在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。 Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。 第五步：把NBO保存为cube文件。 如果买了Chemcraft，就可以在论文里直接用它产生的精美图片了（不贵，对windows，linux分别是$105和$65）。如果没有买，就需要保存cube文件，并用其他软件显示。 找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。 cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。 如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:37 ] |
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2楼2009-10-09 08:17:31
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 22:41
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 22:41
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From CCL: http://www.ccl.net/chemistry/res ... .011-dir/index.html CCL:G: Visualizing NBO -------------------------------------------------------------------------------- From: Ralf Tonner Subject: CCL:G: Visualizing NBO Date: Thu, 05 Apr 2007 22:26:49 +0200 -------------------------------------------------------------------------------- Sent to CCL by: Ralf Tonner [tonner]=[chemie.uni-marburg.de] Dear chunyi, I do not know if these programs are able to do this but Molekel shows this capability (www.cscs.ch/molekel) - at least the "old" version 4.3. You have to conduct the Gaussian03/NBO-calculation and include "pop=nboread" and "gfoldprint" in the input-section. After the molecule specification you have to add the following lines: $NBO plot $END which will be read by the built-in NBO-module. You will find several files in your directory after the calculation has finished. FILE.37 is the one with the NBOs. Then you have to modify the Gaussian03-Output slightly as described earlier on this list: Replace "Gaussian 03" by "Gaussian 98" in the lines following the Gaussian reference list: Before change: ****************************************** Gaussian 03: SYSTEM 13-Oct-2005 DATE ****************************************** After change: ***************************************** Gaussian 98: SYSTEM 13-Oct-2005 DATE ****************************************** Now, you can open the G03-output with molekel and choose in the menu "Load --> nbo orb" the respective FILE.37. The option "Compute --> Orbital" gives a menu where you can choose the desired orbital for visualization. Ordering is equivalent to the NBO-summary section in the Gaussian-Output. Hope this helps Ralf. Chun-Yi Sung juneyi1#,#yahoo.com.tw schrieb: Sent to CCL by: "Chun-Yi Sung" [juneyi1-$-yahoo.com.tw] Hi, I did some NBO analysis with G03, and I wonder if there is a way I can visualize those natural bond orbitals with GaussView or I should go for other visualization software like NBOview. thanks chunyi> version 4.3 下载链接：http://www.brsbox.com/filebox/do ... 4624b53779bafa79b4f 刚看到更详细的，可以看，但不知道结果是否对，望有经验的能给测试一下。http://59.77.33.35/cgi-bin/topic ... how=0&man=qchem [ Last edited by sandf on 2009-10-10 at 21:10 ] |
15楼2009-10-10 20:28:44
16楼2009-10-10 21:46:29
nono2009
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36楼2010-10-08 08:16:35
37楼2011-03-07 18:40:27
值得学习 谢谢分享 38楼2011-09-28 17:32:50
39楼2011-09-28 22:19:41
40楼2011-10-11 15:31:24
★★★★★ 五星级,优秀推荐
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%chk=E:\NEW NBO\A1\opt freq mp2 nbo A1_pyran.chk # opt mp2/6-31++g(d,p) gfinput pop(full,nboread) Opt Freq NBO A1_Pyran 0 1 C -1.57408500 -0.86495800 -0.59817600 C -0.62276600 -1.38195800 0.48009900 C 0.55735100 -0.44263200 0.65876300 C -1.95830500 0.58171600 -0.28989800 C -0.70624500 1.42496100 -0.11512200 H -1.08253600 -0.91556000 -1.57255400 H -1.14473500 -1.43942100 1.43888900 H -2.54283900 0.62245300 0.63366300 H -0.93854500 2.43762300 0.21128300 H -2.46311700 -1.49730100 -0.64728300 H -0.24427900 -2.37664300 0.23908300 H -2.57186500 1.00505200 -1.08974000 H -0.14728800 1.47568000 -1.05552100 O 0.14219400 0.89304800 0.92064100 H 1.16372300 -0.70292200 1.53382200 O 1.34319200 -0.52951400 -0.51435200 C 2.55300300 0.22607100 -0.42140500 H 3.10137600 0.03405500 -1.33956500 H 2.34704200 1.29269000 -0.32479500 H 3.14625200 -0.10317600 0.43684000 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 10 1.0 2 3 1.0 7 1.0 11 1.0 3 14 1.0 15 1.0 16 1.0 4 5 1.0 8 1.0 12 1.0 5 9 1.0 13 1.0 14 1.0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1.0 17 18 1.0 19 1.0 20 1.0 18 19 20 $nbo plot $end 楼主，为什么我计算出来的的文件没有FILE.31~.41文件呢? |
41楼2011-10-27 18:18:31
42楼2011-10-27 18:20:39
43楼2011-11-10 11:03:24
44楼2011-12-06 20:16:19
45楼2011-12-06 20:26:55
48楼2012-03-03 11:00:26
liuying287
禁言 (正式写手)
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49楼2012-03-12 15:15:52
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龙之心9楼
2009-10-09 19:21
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xuexiaosong12楼
2009-10-10 12:16
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