| 查看: 14017 | 回复: 65 | ||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价46次，作者beefly增加金币 38.7 个 | ||||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||||||
[资源]
【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法
|
||||||||||||
|
第一步：获取Chemcraft。 下一个Chemcraft 1.6： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987 或者去主页下一个试用版也可以： http://www.chemcraftprog.com 第二步：计算。 用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）： #p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread) test 0 1 Ar H 1 1.33 F 1 1.95 2 180. $nbo plot $end 这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。 第三步：打开NBO文件。 用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。 第四步：显示NBO。 在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。 Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。 第五步：把NBO保存为cube文件。 如果买了Chemcraft，就可以在论文里直接用它产生的精美图片了（不贵，对windows，linux分别是$105和$65）。如果没有买，就需要保存cube文件，并用其他软件显示。 找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。 cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。 如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:37 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量化辅导 | 量化软件学习 | Gaussian | 量化经验 |
| 量化 | 经验 | 高斯学习 | 宝贝 |
| 精华 | 自己感觉好的东西 |
» 猜你喜欢
中南大学化学化工学院招收电池储能、理论计算方向博士生
已经有16人回复
-
请问哪里可以代烧带压力的炉子？
已经有6人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有79人回复
-
关于合成MIL-125的求助
已经有0人回复
-
双非本硕光催化方向想读博，请各位老师看看我！
已经有2人回复
-
瑞典林雪平大学范立洲课题组现招聘博士后、岗位制博士生
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
中国科大仿生界面材料科学全国重点实验室戴懿涛研究员/江雷院士团队招聘科研助理
已经有0人回复
-
寻求物理化学学报最新的投稿模板！
已经有4人回复
-
投稿咨询
已经有7人回复
-
自科面上 散金币 祈福
已经有61人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gaussian计算得到的前线分子轨道图能说明什么？
已经有7人回复
- 自然键轨道理论（NBO）概述
已经有6人回复
- 急切请教大侠怎么从HOMO和LUMO轨道中看出那个是two-fold degenerate orbital?多谢！
已经有4人回复
- 【求助成功】怎么画出5个d轨道分别对应的态密度
已经有23人回复
- 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
已经有106人回复
- 【求助】哪一种有机物既含有巯基又含有氨基且溶于DMF或二氯，越简单越好
已经有12人回复
- 【求助】氧化还原电势计算怎么得出HOMO-LOMO轨道能级
已经有4人回复
- 【求助】NBO方法计算的结果与理论的竟然完全相反是怎么回事呢？
已经有12人回复
- 【neweroica个人文集】最新版vaspmo (v0.1) ――可视化VASP分子轨道
已经有103人回复
- 【分享】Google和ACS题录导入到Endnote中的简单方法
已经有20人回复
★★★★★ 五星级,优秀推荐
|
%chk=E:\NEW NBO\A1\opt freq mp2 nbo A1_pyran.chk # opt mp2/6-31++g(d,p) gfinput pop(full,nboread) Opt Freq NBO A1_Pyran 0 1 C -1.57408500 -0.86495800 -0.59817600 C -0.62276600 -1.38195800 0.48009900 C 0.55735100 -0.44263200 0.65876300 C -1.95830500 0.58171600 -0.28989800 C -0.70624500 1.42496100 -0.11512200 H -1.08253600 -0.91556000 -1.57255400 H -1.14473500 -1.43942100 1.43888900 H -2.54283900 0.62245300 0.63366300 H -0.93854500 2.43762300 0.21128300 H -2.46311700 -1.49730100 -0.64728300 H -0.24427900 -2.37664300 0.23908300 H -2.57186500 1.00505200 -1.08974000 H -0.14728800 1.47568000 -1.05552100 O 0.14219400 0.89304800 0.92064100 H 1.16372300 -0.70292200 1.53382200 O 1.34319200 -0.52951400 -0.51435200 C 2.55300300 0.22607100 -0.42140500 H 3.10137600 0.03405500 -1.33956500 H 2.34704200 1.29269000 -0.32479500 H 3.14625200 -0.10317600 0.43684000 1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 10 1.0 2 3 1.0 7 1.0 11 1.0 3 14 1.0 15 1.0 16 1.0 4 5 1.0 8 1.0 12 1.0 5 9 1.0 13 1.0 14 1.0 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 1.0 17 18 1.0 19 1.0 20 1.0 18 19 20 $nbo plot $end 楼主，为什么我计算出来的的文件没有FILE.31~.41文件呢? |
41楼2011-10-27 18:18:31
4楼2009-10-09 13:15:29
6楼2009-10-09 13:37:32
7楼2009-10-09 13:38:25
投票:
30