24小时热门版块排行榜

返回列表

【奖励】本帖被评价46次，作者beefly增加金币 38.7 个

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

beefly

专家顾问 (职业作家)

[资源] 【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法

第一步：获取Chemcraft。
下一个Chemcraft 1.6：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987

或者去主页下一个试用版也可以：
http://www.chemcraftprog.com

第二步：计算。
用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）：

#p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread)

test

0 1
Ar
H 1 1.33
F 1 1.95 2 180.

$nbo plot $end

这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。

第三步：打开NBO文件。
用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。

第四步：显示NBO。
在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。

Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。

第五步：把NBO保存为cube文件。
如果买了Chemcraft，就可以在论文里直接用它产生的精美图片了（不贵，对windows，linux分别是$105和$65）。如果没有买，就需要保存cube文件，并用其他软件显示。

找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。
cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。

如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:37 ]

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

量化辅导	量化软件学习	Gaussian	量化经验
量化	经验	高斯学习	宝贝
精华	自己感觉好的东西

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Gaussian计算得到的前线分子轨道图能说明什么？已经有7人回复
自然键轨道理论（NBO）概述已经有6人回复
急切请教大侠怎么从HOMO和LUMO轨道中看出那个是two-fold degenerate orbital?多谢！已经有4人回复
【求助成功】怎么画出5个d轨道分别对应的态密度已经有23人回复
【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧已经有105人回复
【求助】哪一种有机物既含有巯基又含有氨基且溶于DMF或二氯，越简单越好已经有12人回复
【求助】氧化还原电势计算怎么得出HOMO-LOMO轨道能级已经有4人回复
【求助】NBO方法计算的结果与理论的竟然完全相反是怎么回事呢？已经有12人回复
【neweroica个人文集】最新版vaspmo (v0.1) ――可视化VASP分子轨道已经有103人回复
【分享】Google和ACS题录导入到Endnote中的简单方法已经有20人回复

1楼2009-10-09 00:57:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

syntheovo

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 9.5
帖子: 9
在线: 13小时
虫号: 1186813

★★★★★ 五星级,优秀推荐

%chk=E:\NEW NBO\A1\opt freq mp2 nbo A1_pyran.chk
# opt mp2/6-31++g(d,p) gfinput pop(full,nboread)

Opt Freq NBO A1_Pyran

0 1
C                -1.57408500 -0.86495800 -0.59817600
C                -0.62276600 -1.38195800 0.48009900
C                0.55735100 -0.44263200 0.65876300
C                -1.95830500 0.58171600 -0.28989800
C                -0.70624500 1.42496100 -0.11512200
H                -1.08253600 -0.91556000 -1.57255400
H                -1.14473500 -1.43942100 1.43888900
H                -2.54283900 0.62245300 0.63366300
H                -0.93854500 2.43762300 0.21128300
H                -2.46311700 -1.49730100 -0.64728300
H                -0.24427900 -2.37664300 0.23908300
H                -2.57186500 1.00505200 -1.08974000
H                -0.14728800 1.47568000 -1.05552100
O                0.14219400 0.89304800 0.92064100
H                1.16372300 -0.70292200 1.53382200
O                1.34319200 -0.52951400 -0.51435200
C                2.55300300 0.22607100 -0.42140500
H                3.10137600 0.03405500 -1.33956500
H                2.34704200 1.29269000 -0.32479500
H                3.14625200 -0.10317600 0.43684000

1 2 1.0 4 1.0 6 1.0 10 1.0
2 3 1.0 7 1.0 11 1.0
3 14 1.0 15 1.0 16 1.0
4 5 1.0 8 1.0 12 1.0
5 9 1.0 13 1.0 14 1.0
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16 17 1.0
17 18 1.0 19 1.0 20 1.0
18
19
20

$nbo plot $end

楼主，为什么我计算出来的的文件没有FILE.31~.41文件呢?