| 查看: 14028 | 回复: 65 | ||||||||||||
| 【奖励】 本帖被评价46次，作者beefly增加金币 38.7 个 | ||||||||||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||||||||||
[资源]
【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法
|
||||||||||||
|
第一步：获取Chemcraft。 下一个Chemcraft 1.6： http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987 或者去主页下一个试用版也可以： http://www.chemcraftprog.com 第二步：计算。 用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）： #p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread) test 0 1 Ar H 1 1.33 F 1 1.95 2 180. $nbo plot $end 这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。 第三步：打开NBO文件。 用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。 第四步：显示NBO。 在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。 Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。 第五步：把NBO保存为cube文件。 如果买了Chemcraft，就可以在论文里直接用它产生的精美图片了（不贵，对windows，linux分别是$105和$65）。如果没有买，就需要保存cube文件，并用其他软件显示。 找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。 cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。 如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:37 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量化辅导 | 量化软件学习 | Gaussian | 量化经验 |
| 量化 | 经验 | 高斯学习 | 宝贝 |
| 精华 | 自己感觉好的东西 |
» 猜你喜欢
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有1人回复
-
Tc数据拟合
已经有1人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有217人回复
-
韩国釜山大学储能电池与功能材料实验室诚招博后（电池/电化学/器件制备/MOF合成）
已经有187人回复
-
祈福！
已经有79人回复
-
散金求好运
已经有315人回复
-
博士生招生, 材料模拟方向，University of South Carolina
已经有0人回复
-
Postdoc position, materials simulations/machine learning, U. of South Carolina
已经有0人回复
-
祈福青基
已经有34人回复
-
牛来！米来！面来！
已经有8人回复
-
2027申博咨询
已经有11人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Gaussian计算得到的前线分子轨道图能说明什么？
已经有7人回复
- 自然键轨道理论（NBO）概述
已经有6人回复
- 急切请教大侠怎么从HOMO和LUMO轨道中看出那个是two-fold degenerate orbital?多谢！
已经有4人回复
- 【求助成功】怎么画出5个d轨道分别对应的态密度
已经有23人回复
- 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
已经有106人回复
- 【求助】哪一种有机物既含有巯基又含有氨基且溶于DMF或二氯，越简单越好
已经有12人回复
- 【求助】氧化还原电势计算怎么得出HOMO-LOMO轨道能级
已经有4人回复
- 【求助】NBO方法计算的结果与理论的竟然完全相反是怎么回事呢？
已经有12人回复
- 【neweroica个人文集】最新版vaspmo (v0.1) ――可视化VASP分子轨道
已经有103人回复
- 【分享】Google和ACS题录导入到Endnote中的简单方法
已经有20人回复
36楼2010-10-08 08:16:35
4楼2009-10-09 13:15:29
6楼2009-10-09 13:37:32
7楼2009-10-09 13:38:25
投票:
10