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beefly

专家顾问 (职业作家)

[资源] 【beefly个人文集】画NBO轨道的最简单、最省钱方法

第一步：获取Chemcraft。
下一个Chemcraft 1.6：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1502987

或者去主页下一个试用版也可以：
http://www.chemcraftprog.com

第二步：计算。
用gaussian产生nbo轨道文件。下面是一个输入例子（为了用Chemcraft比较nbo和分子轨道，还加上了gfinput，pop=full这些选项）：

#p b3lyp/6-31g gfinput pop(full,nboread)

test

0 1
Ar
H 1 1.33
F 1 1.95 2 180.

$nbo plot $end

这个计算完成后，除了gaussian的输出文件外，还会产生FILE.31~.41文件。

第三步：打开NBO文件。
用Chemcraft打开FILE.31，会自动加载所有的NBO轨道文件。在跳出的“Additional files for NBO visulization”中有一项“NBO output”是空的，需要把gaussian的输出文件加进去。然后Chemcraft就显示分子模型了。

第四步：显示NBO。
在Chemcraft的Tools菜单下选择Orbitals/Render molecular orbitals。在“Choose orbitals source”中会出现几种轨道类型。我们关心的是NBO，故选第一个。在接下来的轨道列表中选择想要显示的轨道（在轨道前的方框中打勾），可选多个轨道。根据图像的质量，还可以调整格点质量，不过最开始可以先用默认设置。

Chemcraft回到主界面。在左上列表中选择刚刚产生的NBO轨道，在左下方会出现一些选项。其中第一行的两个“Show isosurface”和“Both-signed”是必选的。其它的可以根据需要调整。

第五步：把NBO保存为cube文件。
如果买了Chemcraft，就可以在论文里直接用它产生的精美图片了（不贵，对windows，linux分别是$105和$65）。如果没有买，就需要保存cube文件，并用其他软件显示。

找到想要的NBO后，重复第四步，注意在轨道列表中把右下角的“Save to cube file”也选上，并适当调整网格精度。这样就可以把NBO保存为cube文件了。
cube文件可以用很多软件打开，如Gaussview，还有免费的Gabedit，Molden，JIMP2等，根据经费而定。

如果了解cube文件格式，还可以把cube文件编辑为2维数据，用matlab、origin等程序画等高线图（contour）。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:37 ]

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1楼2009-10-09 00:57:46

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sandf

木虫 (正式写手)

应助: 15 (小学生)
金币: 1631.4
帖子: 604
在线: 136.6小时
虫号: 305516

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-10 22:41

From CCL: http://www.ccl.net/chemistry/res ... .011-dir/index.html
CCL:G: Visualizing NBO

--------------------------------------------------------------------------------

From: Ralf Tonner
Subject: CCL:G: Visualizing NBO
Date: Thu, 05 Apr 2007 22:26:49 +0200

--------------------------------------------------------------------------------

Sent to CCL by: Ralf Tonner [tonner]=[chemie.uni-marburg.de]
Dear chunyi,

I do not know if these programs are able to do this but Molekel shows this capability (www.cscs.ch/molekel) - at least the "old" version 4.3.

You have to conduct the Gaussian03/NBO-calculation and include "pop=nboread" and "gfoldprint" in the input-section. After the molecule specification you have to add the following lines:
$NBO
plot
$END
which will be read by the built-in NBO-module.

You will find several files in your directory after the calculation has finished.
FILE.37 is the one with the NBOs.

Then you have to modify the Gaussian03-Output slightly as described earlier on this list: Replace "Gaussian 03" by "Gaussian 98" in the lines following the Gaussian reference list:
Before change:
******************************************
  Gaussian 03:  SYSTEM 13-Oct-2005
               DATE
  ******************************************
After change:
*****************************************
  Gaussian 98:  SYSTEM 13-Oct-2005
               DATE
  ******************************************

Now, you can open the G03-output with molekel and choose in the menu "Load --> nbo orb" the respective FILE.37. The option "Compute --> Orbital" gives a menu where you can choose the desired orbital for visualization. Ordering is equivalent to the NBO-summary section in the Gaussian-Output.
Hope this helps
Ralf.
Chun-Yi Sung juneyi1#,#yahoo.com.tw schrieb:

Sent to CCL by: "Chun-Yi  Sung" [juneyi1-$-yahoo.com.tw]

Hi,
   I did some NBO analysis with G03, and I wonder if there

is a way I can visualize those natural bond orbitals with GaussView or I should go for other visualization software like
NBOview.
thanks

chunyi>

version 4.3 下载链接：http://www.brsbox.com/filebox/do ... 4624b53779bafa79b4f
刚看到更详细的，可以看，但不知道结果是否对，望有经验的能给测试一下。http://59.77.33.35/cgi-bin/topic ... how=0&man=qchem

[ Last edited by sandf on 2009-10-10 at 21:10 ]