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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助，请问有预测ORF的软件吗？？谢谢！
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助，请问有预测ORF的软件吗？？谢谢！ 已有2人参与

请教各位大虾，请问有预测ORF的软件吗，需要是windows版本的，而且是可以下载到本地的（不是那种网页版的，我知道NCBI有ORF FINDER，但是在线的，无法下载）？？在GOOGLE上翻了好久都没找，在这里请教大家了，希望能给点提示（只要说出名字，我自己在网上搜下，但是希望真的能下载下来）,谢谢！！
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1楼 2015-02-25 11:37:22
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by daniel1112 at 2015-02-26 05:25:13
geneious，vector nti等生物信息学分析软件都行

十分感谢你的回答，我看了一下geneious，vector nti，这2个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件，ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚，我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件（主要就是）。因为我自己在做一个WORKFLOW的软件，想把预测ORF的功能植入进去，所以想找一个现成软件植入进去。而命令行式的程序（GeneMark不知道你听说过没，类似JAR包的，或者XXX.exe后面跟参数的）比较容易植入，而界面版的大软件很难嵌入，我也只需要一个预测ORF的功能。其实LINUX或者WINDOWS版也无所谓了，不知道有什么推荐吗？？谢谢
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4楼2015-02-26 11:11:02
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhangmao511(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-02-26 22:38:45
bioxm，本软件用于DNA序列资料的常规分析,包括ORF查找, 序列格式化, 翻译, 蛋白质分子量和等电点的计算, 限制酶酶切位点分析,引物辅助设计等,另外还提供了序列格式文件的批量转换工具,引物浓度计算工具,酶切位点查询工具,自动去载体序列工具,
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2楼2015-02-25 18:08:38
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-02-25 18:08:38
bioxm，本软件用于DNA序列资料的常规分析,包括ORF查找, 序列格式化, 翻译, 蛋白质分子量和等电点的计算, 限制酶酶切位点分析,引物辅助设计等,另外还提供了序列格式文件的批量转换工具,引物浓度计算工具,酶切位点查询 ...

十分感谢你的回答，我看了一下bioxm，这个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件，ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚，我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件（主要就是）。因为我自己在做一个WORKFLOW的软件，想把预测ORF的功能植入进去，所以想找一个现成软件植入进去。而命令行式的程序（GeneMark不知道你听说过没，类似JAR包的，或者XXX.exe后面跟参数的）比较容易植入，而界面版的大软件很难嵌入，我也只需要一个预测ORF的功能。其实LINUX或者WINDOWS版也无所谓了，不知道有什么推荐吗？？谢谢
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5楼2015-02-26 11:12:15
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-02-26 11:12:15
十分感谢你的回答，我看了一下bioxm，这个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件，ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚，我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件（主要就是）。因为我自 ...

那你找一个在线的预测ORF的软件，比如：ORF Finder，你查找他的源代码，从源代码中可以查到。
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6楼2015-02-26 18:33:53
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