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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 求助,请问有预测ORF的软件吗??谢谢! 已有2人参与

请教各位大虾,请问有预测ORF的软件吗,需要是windows版本的,而且是可以下载到本地的(不是那种网页版的,我知道NCBI有ORF FINDER,但是在线的,无法下载)??在GOOGLE上翻了好久都没找,在这里请教大家了,希望能给点提示(只要说出名字,我自己在网上搜下,但是希望真的能下载下来),谢谢!!
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhangmao511(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-02-26 22:38:45
bioxm,本软件用于DNA序列资料的常规分析,包括ORF查找, 序列格式化, 翻译, 蛋白质分子量和等电点的计算, 限制酶酶切位点分析,引物辅助设计等,另外还提供了序列格式文件的批量转换工具,引物浓度计算工具,酶切位点查询工具,自动去载体序列工具,
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2楼2015-02-25 18:08:38
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daniel1112

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zhangmao511(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-26 22:39:20
内容已删除
3楼2015-02-26 05:25:13
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by daniel1112 at 2015-02-26 05:25:13
geneious,vector nti等生物信息学分析软件都行

十分感谢你的回答,我看了一下geneious,vector nti,这2个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件,ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚,我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件(主要就是)。因为我自己在做一个WORKFLOW的软件,想把预测ORF的功能植入进去,所以想找一个现成软件植入进去。而命令行式的程序(GeneMark不知道你听说过没,类似JAR包的,或者XXX.exe后面跟参数的)比较容易植入,而界面版的大软件很难嵌入,我也只需要一个预测ORF的功能。其实LINUX或者WINDOWS版也无所谓了,不知道有什么推荐吗??谢谢
4楼2015-02-26 11:11:02
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiqinger at 2015-02-25 18:08:38
bioxm,本软件用于DNA序列资料的常规分析,包括ORF查找, 序列格式化, 翻译, 蛋白质分子量和等电点的计算, 限制酶酶切位点分析,引物辅助设计等,另外还提供了序列格式文件的批量转换工具,引物浓度计算工具,酶切位点查询 ...

十分感谢你的回答,我看了一下bioxm,这个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件,ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚,我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件(主要就是)。因为我自己在做一个WORKFLOW的软件,想把预测ORF的功能植入进去,所以想找一个现成软件植入进去。而命令行式的程序(GeneMark不知道你听说过没,类似JAR包的,或者XXX.exe后面跟参数的)比较容易植入,而界面版的大软件很难嵌入,我也只需要一个预测ORF的功能。其实LINUX或者WINDOWS版也无所谓了,不知道有什么推荐吗??谢谢
5楼2015-02-26 11:12:15
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-02-26 11:12:15
十分感谢你的回答,我看了一下bioxm,这个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件,ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚,我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件(主要就是)。因为我自 ...

那你找一个在线的预测ORF的软件,比如:ORF Finder,你查找他的源代码,从源代码中可以查到。
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6楼2015-02-26 18:33:53
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by jiqinger at 2015-02-26 18:33:53
那你找一个在线的预测ORF的软件,比如:ORF Finder,你查找他的源代码,从源代码中可以查到。...

在线的预测ORF的软件,NCBI的ORF Finder,查找他的源代码,从源代码中可以查到???没懂,啥意思?可以下载??
7楼2015-02-26 19:56:19
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daniel1112

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-02-26 11:11:02
十分感谢你的回答,我看了一下geneious,vector nti,这2个软件貌似是一个比较大的客户端界面式软件,ORF FIND只是这个软件中其中的一个功能。也怪我一开始没表述清楚,我是想找一个命令行式的ORF FIND的软件(主要 ...

不好意思,这还真没有什么推荐的呢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
8楼2015-02-26 23:06:55
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jiqinger

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhangmao511 at 2015-02-26 19:56:19
在线的预测ORF的软件,NCBI的ORF Finder,查找他的源代码,从源代码中可以查到???没懂,啥意思?可以下载??...

你不是找一段寻找ORF的程序代码吗?你找到源代码中这段语言,复制下来就行了。
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9楼2015-02-27 18:23:53
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by jiqinger at 2015-02-27 18:23:53
你不是找一段寻找ORF的程序代码吗?你找到源代码中这段语言,复制下来就行了。...

我找过了,页面上的源代码很简单,寻找ORF的程序应该没直接写在页面代码里。
10楼2015-03-03 17:44:19
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