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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 着么判定一个基因是否拿到全长
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qaz139687

新虫 (小有名气)

[求助] 着么判定一个基因是否拿到全长 已有1人参与

着么判定我记得基因是否拿到全长了？3端的话出现了好多AAAAA 可以判定为全长，文件里面蓝颜色的ORF框，着么判定5端是否全了呢？
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  • 附件 1 : 章鱼胺受体基因全长.doc
    • 2015-02-02 13:53:32, 13.5 K

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1楼 2015-02-02 13:54:29
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qaz139687

新虫 (小有名气)
快来人啦
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2楼2015-02-02 21:01:12
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-02-03 12:27:13
文档中蓝色ORF是你自己定义的嘛？不知道你注意到没有，实际上ATG前端的碱基也能翻译出连续氨基酸并与后面同框！另外，你5端的数据是怎么获得的？根据从开始就出现连续同框情况，推测你的5端序列应该不是通过5-RACE获得的，很像是文库测序结果！而你定义的ORF的ATG很可能只是蛋白中部的蛋氨酸，

从序列5端开始翻译出氨基酸序列进行BLAST，结果跟牡蛎的章鱼胺受体同源性很高，匹配结果提示，N端还缺少100多个氨基酸，

更进一步讲，BLST提示你的章鱼胺受体貌似属于七次跨膜蛋白家族，理论上应该存在多个跨膜区。但分析你的ORF编码出的蛋白，只有2个跨膜区。

综上，我个人推测你的5端不完整，可能还缺500多bp，以上仅为个人意见，不排除你的5端已经完整的可能性！

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3楼2015-02-03 00:19:02
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-02-03 12:27:24
请说明你5端序列是如何获得的，这对判断序列是否完整很重要。

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4楼2015-02-03 00:24:26
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qaz139687

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ptttmt at 2015-02-03 00:24:26
请说明你5端序列是如何获得的，这对判断序列是否完整很重要。

转录组里面的数据，自己扩了一次5端的，结果条带很杂
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5楼2015-02-03 13:57:38
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qaz139687

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ptttmt at 2015-02-03 00:19:02
文档中蓝色ORF是你自己定义的嘛？不知道你注意到没有，实际上ATG前端的碱基也能翻译出连续氨基酸并与后面同框！另外，你5端的数据是怎么获得的？根据从开始就出现连续同框情况，推测你的5端序列应该不是通过5-RACE获 ...

这么说的话我C端氨基酸是全了，就是N端还缺少100多个氨基酸是吗？
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6楼2015-02-03 14:00:56
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by qaz139687 at 2015-02-03 13:57:38
转录组里面的数据，自己扩了一次5端的，结果条带很杂...

转录组数据，你给出的这段序列，是contig拼接后的结果吗？

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7楼2015-02-03 16:02:01
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by qaz139687 at 2015-02-03 13:57:38
转录组里面的数据，自己扩了一次5端的，结果条带很杂...

5端RACE比3端RACE难度高很多，关键要保证RNA完整性，同时做好对照，一般情况下，首轮PCR不一定会有结果，第二轮槽式PCR出结果的可能性比较大

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8楼2015-02-03 16:10:04
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
qaz139687: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-02-03 17:26:56
引用回帖:
6楼: Originally posted by qaz139687 at 2015-02-03 14:00:56
这么说的话我C端氨基酸是全了，就是N端还缺少100多个氨基酸是吗？...

我个人认为C端完整了，N端可能还不完整。你需要去查下转录组数据里你目的片段的组装情况，

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9楼2015-02-03 16:15:41
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789_mecs

铜虫 (小有名气)
★
西门吹雪170: 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-03 22:12:36
5端RACE比3端RACE难度高很多，关键要保证RNA完整性，同时做好对照，一般情况下，首轮PCR不一定会有结果，第二轮槽式PCR出结果的可能性比较大
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10楼2015-02-03 16:44:10
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