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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 膜蛋白模拟的2个问题(膜的选择)!! 已有1人参与

本人在做膜蛋白的模拟,用的是Gromacs。
在Gromacs官网上看到一个膜蛋白模拟的protocol 。
如图1:
膜蛋白模拟的2个问题(膜的选择)!!
图1.jpg
不是很理解,第二个“Increasing the size of the water segment in the z-direction”,这是用来做什么的??请大侠指教(不知道能说详细点吗)。

还有一个问题,就是在膜蛋白模拟之初,要选择好合适的膜,比如POPE, POPG, DPPC, POPC。这四种膜用什么区别吗??这四种膜一般适用于什么样的体系呢??谢谢..!!
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

顶一下。。
2楼2014-11-13 09:13:43
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

3楼2014-11-16 00:21:17
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好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我的了解,z方向是膜平面的垂直方向,确认z的值,这部分是为了去除膜内疏水区水分子过程。删除在膜了里的水分子。

[ 发自小木虫客户端 ]
说好努力的
4楼2014-11-17 00:22:04
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好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

POPE, POPG, DPPC, POPC不了解就找篇膜模拟的宗述文章看看,就可以了

[ 发自小木虫客户端 ]
说好努力的
5楼2014-11-17 00:23:52
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