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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 膜蛋白模拟的2个问题（膜的选择）！！
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 膜蛋白模拟的2个问题（膜的选择）！！ 已有1人参与

本人在做膜蛋白的模拟，用的是Gromacs。
在Gromacs官网上看到一个膜蛋白模拟的protocol 。
如图1：
膜蛋白模拟的2个问题（膜的选择）！！
图1.jpg
不是很理解，第二个“Increasing the size of the water segment in the z-direction”，这是用来做什么的？？请大侠指教（不知道能说详细点吗）。

还有一个问题，就是在膜蛋白模拟之初，要选择好合适的膜，比如POPE, POPG, DPPC， POPC。这四种膜用什么区别吗？？这四种膜一般适用于什么样的体系呢？？谢谢..！！
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1楼 2014-11-12 23:13:32
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好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

POPE, POPG, DPPC， POPC不了解就找篇膜模拟的宗述文章看看，就可以了

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说好努力的
5楼2014-11-17 00:23:52
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好好学习444

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我的了解，z方向是膜平面的垂直方向，确认z的值，这部分是为了去除膜内疏水区水分子过程。删除在膜了里的水分子。

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说好努力的
4楼2014-11-17 00:22:04
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