| 查看: 1442 | 回复: 9 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
gouhuange新虫 (初入文坛)
|
[求助]
求助T-RFLP数据分析 已有1人参与
|
|
|
各位大神，江湖救急呀！！！ 最近在做空气微生物种群多样性，用的是T-RFLP,这是从从生工返回来的数据（见附件） 我将Excel数据带入mica（http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php）在线数据库比对，不知道Select Database那一项该选择什么，还有Sensitivity，Window (Bin) Size，这两项参数大神们都是怎么设置的？我把Sensitivity都设置为0，Window (Bin) Size设置的是1（想着参数设置的越低，结果应该越准确），可是出来的结果太多了，有十几万条带，该怎么筛选啊？ 看别人文章里是把片段大小小于50和大于500，以及荧光值占总数小于百分之一的片段都去掉了，那我想问一下这个步骤是在Excel处理完以后才用数据库比对，还是直接把返回回来的所有片段大小带进去mica比对以后去除小于50和大于500，以及荧光值占总数小于百分之一所代表的微生物呢？我按照前一种方法（先去掉那些该去除的再比对）做的时候总是显示404 NOT FOUND。 还有我看别人说mica数据库貌似只能比对细菌的，那真菌的在那里比对呢？ 以前没怎么接触过微生物这方面，问题有点多，请各位大神赐教。  {YKMX15EGX[84D)IU8]H2W0.jpg  5UNC9B%[6@`$%IGK8B89NU6.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
极限拉扯，如何抉择
已经有15人回复
-
申请科研项目纯靠实力能成功吗？
已经有8人回复
-
中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理
已经有4人回复
-
40+中年人失业后，还能找到好工作吗？
已经有3人回复
-
二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores
已经有4人回复
-
OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？
已经有13人回复
-
课题组会帮你通过考核么？
已经有7人回复
-
入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍
已经有6人回复
-
售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急
已经有9人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有10人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 审稿意见 关于高通量测序
已经有9人回复
- 分析方法数据库
已经有15人回复
- 高通量测序平台汇总
已经有10人回复
- 求助宏基因组高通量测序微生态研究
已经有11人回复
- MALDI-TOF的数据分析问题
已经有10人回复
- 请教T-RFLP的数据分析方法？
已经有25人回复
- 求MALDI TOF 质谱专家帮忙分析下谱图，万分感谢
已经有5人回复
- 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
已经有16人回复
- 求救，谁帮我做下方差分析啊，标字母那种，十分感谢
已经有14人回复
- 有谁知道真菌t-rflp的数据库？
已经有3人回复
- TRFLP数据问题分析请教
已经有7人回复
- M-T,M-H曲线的分析
已经有6人回复
- 求助关于生物多样性分析（bio-dap）
已经有8人回复
- 可笑的ES&T
已经有21人回复
- 有谁做T-RFLP的？交流下吧？
已经有23人回复
- 求助TRFLP数据分析
已经有17人回复
- 有关T-RFLP技术
已经有13人回复
- 求助：TRFLP 数据分析
已经有20人回复
- T-RFLP数据分析求助？
已经有23人回复
- 做DGGE的童鞋们，有人做过主成分分析（PCA）吗？
已经有22人回复
- 【求助/交流】重金悬赏Ribosomal Database Project（RDP）这个数据库的用法，奖50金币
已经有4人回复
peterrjp
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 65 (初中生)
- 金币: 24489.1
- 红花: 16
- 帖子: 2608
- 在线: 67小时
- 虫号: 395640
- 注册: 2007-06-08
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
7楼2014-11-01 11:58:07
peterrjp
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 65 (初中生)
- 金币: 24489.1
- 红花: 16
- 帖子: 2608
- 在线: 67小时
- 虫号: 395640
- 注册: 2007-06-08
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouhuange: 金币+1, ★有帮助, 谢谢啦，但是，我目前只做酶切，没有测序。也就是说只能大致预测，不能明确知道是那种微生物是吧？ 2014-10-24 11:56:52
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励热心应助！ 2014-10-24 15:33:48
感谢参与，应助指数 +1
gouhuange: 金币+1, ★有帮助, 谢谢啦，但是，我目前只做酶切，没有测序。也就是说只能大致预测，不能明确知道是那种微生物是吧？ 2014-10-24 11:56:52
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励热心应助！ 2014-10-24 15:33:48
|
T-RFLP的结果要结合测序技术才能弄清楚每个峰代表什么，同样是150bp，可能对应很多种类的微生物。不同批次上机结果甚至可能会有横坐标的偏移，这次是150，下次没准就148了。 想预测准确一点就做克隆测序吧 我们以前做T-RFLP从来都是自己分析，不依赖mica。 |
2楼2014-10-24 11:10:28
peterrjp
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 65 (初中生)
- 金币: 24489.1
- 红花: 16
- 帖子: 2608
- 在线: 67小时
- 虫号: 395640
- 注册: 2007-06-08
- 性别: GG
- 专业: 微生物生态学
3楼2014-10-24 12:08:07
gouhuange
新虫 (初入文坛)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 236.5
- 帖子: 29
- 在线: 24.4小时
- 虫号: 2688660
- 注册: 2013-09-28
- 性别: MM
- 专业: 环境微生物学
4楼2014-10-24 13:09:13
200