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gouhuange新虫 (初入文坛)
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求助T-RFLP数据分析 已有1人参与
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各位大神，江湖救急呀！！！ 最近在做空气微生物种群多样性，用的是T-RFLP,这是从从生工返回来的数据（见附件） 我将Excel数据带入mica（http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php）在线数据库比对，不知道Select Database那一项该选择什么，还有Sensitivity，Window (Bin) Size，这两项参数大神们都是怎么设置的？我把Sensitivity都设置为0，Window (Bin) Size设置的是1（想着参数设置的越低，结果应该越准确），可是出来的结果太多了，有十几万条带，该怎么筛选啊？ 看别人文章里是把片段大小小于50和大于500，以及荧光值占总数小于百分之一的片段都去掉了，那我想问一下这个步骤是在Excel处理完以后才用数据库比对，还是直接把返回回来的所有片段大小带进去mica比对以后去除小于50和大于500，以及荧光值占总数小于百分之一所代表的微生物呢？我按照前一种方法（先去掉那些该去除的再比对）做的时候总是显示404 NOT FOUND。 还有我看别人说mica数据库貌似只能比对细菌的，那真菌的在那里比对呢？ 以前没怎么接触过微生物这方面，问题有点多，请各位大神赐教。  {YKMX15EGX[84D)IU8]H2W0.jpg  5UNC9B%[6@`$%IGK8B89NU6.jpg |
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gouhuange
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4楼2014-10-24 13:09:13
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【答案】应助回帖
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gouhuange: 金币+1, ★有帮助, 谢谢啦，但是，我目前只做酶切，没有测序。也就是说只能大致预测，不能明确知道是那种微生物是吧？ 2014-10-24 11:56:52
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励热心应助！ 2014-10-24 15:33:48
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laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励热心应助！ 2014-10-24 15:33:48
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T-RFLP的结果要结合测序技术才能弄清楚每个峰代表什么，同样是150bp，可能对应很多种类的微生物。不同批次上机结果甚至可能会有横坐标的偏移，这次是150，下次没准就148了。 想预测准确一点就做克隆测序吧 我们以前做T-RFLP从来都是自己分析，不依赖mica。 |
2楼2014-10-24 11:10:28
peterrjp
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3楼2014-10-24 12:08:07
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5楼2014-10-24 14:34:28