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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 求助T-RFLP数据分析
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gouhuange

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助T-RFLP数据分析 已有1人参与

各位大神，江湖救急呀！！！
最近在做空气微生物种群多样性，用的是T-RFLP,这是从从生工返回来的数据（见附件）
我将Excel数据带入mica（http://mica.ibest.uidaho.edu/runtrflp.php）在线数据库比对，不知道Select Database那一项该选择什么，还有Sensitivity，Window (Bin) Size，这两项参数大神们都是怎么设置的？我把Sensitivity都设置为0，Window (Bin) Size设置的是1（想着参数设置的越低，结果应该越准确），可是出来的结果太多了，有十几万条带，该怎么筛选啊？
看别人文章里是把片段大小小于50和大于500，以及荧光值占总数小于百分之一的片段都去掉了，那我想问一下这个步骤是在Excel处理完以后才用数据库比对，还是直接把返回回来的所有片段大小带进去mica比对以后去除小于50和大于500，以及荧光值占总数小于百分之一所代表的微生物呢？我按照前一种方法（先去掉那些该去除的再比对）做的时候总是显示404 NOT FOUND。
还有我看别人说mica数据库貌似只能比对细菌的，那真菌的在那里比对呢？


以前没怎么接触过微生物这方面，问题有点多，请各位大神赐教。

求助T-RFLP数据分析
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求助T-RFLP数据分析-1
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1楼 2014-10-24 10:47:28
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gouhuange: 金币+1, ★有帮助, 谢谢啦，但是，我目前只做酶切，没有测序。也就是说只能大致预测，不能明确知道是那种微生物是吧？ 2014-10-24 11:56:52
laozuzunzhe: 金币+2, 鼓励热心应助！ 2014-10-24 15:33:48
T-RFLP的结果要结合测序技术才能弄清楚每个峰代表什么，同样是150bp，可能对应很多种类的微生物。不同批次上机结果甚至可能会有横坐标的偏移，这次是150，下次没准就148了。
想预测准确一点就做克隆测序吧

我们以前做T-RFLP从来都是自己分析，不依赖mica。
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2楼2014-10-24 11:10:28
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不做测序就不能明确知道是哪种微生物。只有功能基因的T-RFLP用T-RF长度预测会比较准确（往往只有几个峰），全细菌或全真菌预测不准确。想发SCI就老老实实做测序吧
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3楼2014-10-24 12:08:07
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gouhuange

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 12:08:07
不做测序就不能明确知道是哪种微生物。只有功能基因的T-RFLP用T-RF长度预测会比较准确（往往只有几个峰），全细菌或全真菌预测不准确。想发SCI就老老实实做测序吧

测序太贵了，老板不答应啊
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4楼2014-10-24 13:09:13
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by gouhuange at 2014-10-24 13:09:13
测序太贵了，老板不答应啊...

你就跟他说，现在T-RFLP都跟不上时代了，舍不得孩子套不着狼啊。花个千把块做个克隆测序是有必要的，否则想发SCI没戏
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5楼2014-10-24 14:34:28
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gouhuange

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 11:10:28
T-RFLP的结果要结合测序技术才能弄清楚每个峰代表什么，同样是150bp，可能对应很多种类的微生物。不同批次上机结果甚至可能会有横坐标的偏移，这次是150，下次没准就148了。
想预测准确一点就做克隆测序吧

我们 ...

您好，我看到很多人都做分子克隆确定准确的微生物，但是也有看到说将T-RFLP结合分子克隆方法确定准确的微生物，我想这两者之间有关系吗？？是不是分子克隆完以后，将以一定的歧化度划分好OUT以后，将它与T-RFLP得到的片段数量做比较，要是差不多就说明克隆子数目足够，是这么理解的么？？
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6楼2014-10-31 23:41:54
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by gouhuange at 2014-10-31 23:41:54
您好，我看到很多人都做分子克隆确定准确的微生物，但是也有看到说将T-RFLP结合分子克隆方法确定准确的微生物，我想这两者之间有关系吗？？是不是分子克隆完以后，将以一定的歧化度划分好OUT以后，将它与T-RFLP得到 ...

正确做法是拿测序过的单克隆菌落作为DNA模版做PCR和T-RFLP，得到的单峰和测序序列的酶切位点是一一对应的。
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7楼2014-11-01 11:58:07
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woshizhufeng

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 11:10:28
T-RFLP的结果要结合测序技术才能弄清楚每个峰代表什么，同样是150bp，可能对应很多种类的微生物。不同批次上机结果甚至可能会有横坐标的偏移，这次是150，下次没准就148了。
想预测准确一点就做克隆测序吧

我们 ...

想问一下 双酶切 结果如何分析比对 总是出现格式错误
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8楼2014-12-04 21:09:30
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任二宝

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-24 11:10:28
T-RFLP的结果要结合测序技术才能弄清楚每个峰代表什么，同样是150bp，可能对应很多种类的微生物。不同批次上机结果甚至可能会有横坐标的偏移，这次是150，下次没准就148了。
想预测准确一点就做克隆测序吧

我们 ...

前辈你好，自己分析的话，怎么根据片段确定种属呢？求不吝赐教，谢谢你
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9楼2014-12-18 10:09:40
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超离子体

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 任二宝 at 2014-12-18 10:09:40
前辈你好，自己分析的话，怎么根据片段确定种属呢？求不吝赐教，谢谢你...

同求。问题应该解决了吧，求教是怎么的到属的？

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10楼2017-03-19 16:56:37
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