应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
171/2返回列表12下一页
查看: 1650  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

龙小娴

银虫 (小有名气)

[求助] 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析

在生工做了STR返回了数据不知道怎么分析，在论坛看了之前有人求助，有虫友说用mica还有T-REX网站，mica提交后总出现HTTP 404没有结果，T-REX要提交一个labels file ，生工返回的数据只是峰图和raw data file，labels file不知道怎么写，求高人指点。
另外听说bio-dap也可以分析网上也没有找到使用说明。
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
11.jpg


求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-1
22.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-12 16:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
龙小娴: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-13 13:21:49
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-09-13 02:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
龙小娴: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-09-16 11:25:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-13 12:35:46
改小是不是结果就不对了，实验是要重做的吧，另外这几项怎么填写呢？

mica.jpg
...

能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么填，你可以看一下用这个软件的文献，这个不是很难。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

龙小娴
6楼2013-09-15 17:37:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kiruwa

专家顾问 (职业作家)
不做克隆文库怎么能知道菌种信息,要我是审稿人你不做克隆文库我立马就枪毙这篇文章.你这个TRFLP结果不是很好,很多小峰,这些很可能是dimer.
赞一下(1人) 回复此楼
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
10楼2013-09-17 00:34:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
求回复
回复此楼
2楼2013-09-12 18:08:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点

改小是不是结果就不对了，实验是要重做的吧，另外这几项怎么填写呢？
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-2
mica.jpg
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-13 12:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点

求回复
回复此楼
5楼2013-09-14 10:27:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-15 17:37:10
能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么 ...

你用的哪个软件可以分享一下吗？只用T-RFLP法，能确定是哪种菌吗？这种方法都可以分析出什么？文献说的都不太清楚，之前没有做过这个也没人指导有点困难。。。。谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-16 11:29:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-15 17:37:10
能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么 ...

我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种，还有相似度是多少，这个是怎么得出的，可能吗？我说的mica网站能确定可能的几种菌，要确定哪种还要其他方法，还是根本不能确定呢？T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、均匀度还有其他的分析结果吗？你用的那种软件，都做过什么分析呀？谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2013-09-16 13:08:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

better2023

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-16 13:08:52
我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种，还有相似度是多少，这个是怎么得出的，可能吗？我说的mica网站能确定可能的几种菌，要确定哪种还要其他方法，还是根本不能确定呢？T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、 ...

我只是为了测序才用这个的：我有很多个克隆，全部测太贵不现实，于是用T-RFLP找出序列不同的，相同的测一个就行了
所以我对这个也只是粗略的了解，最好的办法就是多读文献，带着问题去读，我相信你能搞定的
赞一下 回复此楼
9楼2013-09-16 20:00:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 龙小娴 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 什么时候开奖？ +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 14/700 2026-08-21 23:51 by cratir
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭