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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
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龙小娴

银虫 (小有名气)

[求助] 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析

在生工做了STR返回了数据不知道怎么分析，在论坛看了之前有人求助，有虫友说用mica还有T-REX网站，mica提交后总出现HTTP 404没有结果，T-REX要提交一个labels file ，生工返回的数据只是峰图和raw data file，labels file不知道怎么写，求高人指点。
另外听说bio-dap也可以分析网上也没有找到使用说明。
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
11.jpg


求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-1
22.jpg
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1楼 2013-09-12 16:32:29
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
龙小娴: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-13 13:21:49
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点
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3楼2013-09-13 02:29:08
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better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
龙小娴: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-09-16 11:25:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-13 12:35:46
改小是不是结果就不对了，实验是要重做的吧，另外这几项怎么填写呢？

mica.jpg
...

能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么填，你可以看一下用这个软件的文献，这个不是很难。
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龙小娴
6楼2013-09-15 17:37:10
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kiruwa

专家顾问 (职业作家)
不做克隆文库怎么能知道菌种信息,要我是审稿人你不做克隆文库我立马就枪毙这篇文章.你这个TRFLP结果不是很好,很多小峰,这些很可能是dimer.
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请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
10楼2013-09-17 00:34:57
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普通回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
求回复
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2楼2013-09-12 18:08:56
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龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点

改小是不是结果就不对了，实验是要重做的吧，另外这几项怎么填写呢？
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-2
mica.jpg
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4楼2013-09-13 12:35:46
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龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点

求回复
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5楼2013-09-14 10:27:01
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龙小娴

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-15 17:37:10
能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么 ...

你用的哪个软件可以分享一下吗？只用T-RFLP法，能确定是哪种菌吗？这种方法都可以分析出什么？文献说的都不太清楚，之前没有做过这个也没人指导有点困难。。。。谢谢
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7楼2013-09-16 11:29:20
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龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-15 17:37:10
能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么 ...

我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种，还有相似度是多少，这个是怎么得出的，可能吗？我说的mica网站能确定可能的几种菌，要确定哪种还要其他方法，还是根本不能确定呢？T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、均匀度还有其他的分析结果吗？你用的那种软件，都做过什么分析呀？谢谢
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8楼2013-09-16 13:08:52
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better2023

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-16 13:08:52
我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种，还有相似度是多少，这个是怎么得出的，可能吗？我说的mica网站能确定可能的几种菌，要确定哪种还要其他方法，还是根本不能确定呢？T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、 ...

我只是为了测序才用这个的：我有很多个克隆，全部测太贵不现实，于是用T-RFLP找出序列不同的，相同的测一个就行了
所以我对这个也只是粗略的了解，最好的办法就是多读文献，带着问题去读，我相信你能搞定的
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9楼2013-09-16 20:00:12
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