应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
171/2返回列表12下一页
查看: 1472  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

龙小娴

银虫 (小有名气)

[求助] 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析

在生工做了STR返回了数据不知道怎么分析，在论坛看了之前有人求助，有虫友说用mica还有T-REX网站，mica提交后总出现HTTP 404没有结果，T-REX要提交一个labels file ，生工返回的数据只是峰图和raw data file，labels file不知道怎么写，求高人指点。
另外听说bio-dap也可以分析网上也没有找到使用说明。
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
11.jpg


求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-1
22.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-09-12 16:32:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
龙小娴: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-13 13:21:49
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2013-09-13 02:29:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
龙小娴: 金币+2, ★★★很有帮助 2013-09-16 11:25:32
引用回帖:
4楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-13 12:35:46
改小是不是结果就不对了，实验是要重做的吧，另外这几项怎么填写呢？

mica.jpg
...

能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么填，你可以看一下用这个软件的文献，这个不是很难。
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

龙小娴
6楼2013-09-15 17:37:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

kiruwa

专家顾问 (职业作家)
不做克隆文库怎么能知道菌种信息,要我是审稿人你不做克隆文库我立马就枪毙这篇文章.你这个TRFLP结果不是很好,很多小峰,这些很可能是dimer.
赞一下(1人) 回复此楼
请注意,照片不是我本人!!!请不要把此人和我的长相联系到一起去.
10楼2013-09-17 00:34:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
求回复
回复此楼
2楼2013-09-12 18:08:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点

改小是不是结果就不对了，实验是要重做的吧，另外这几项怎么填写呢？
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-2
mica.jpg
赞一下 回复此楼
4楼2013-09-13 12:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale，就是样品浓度太高，超过纵坐标量程了；可以把height和are里面太大的数字人为改小点

求回复
回复此楼
5楼2013-09-14 10:27:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-15 17:37:10
能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么 ...

你用的哪个软件可以分享一下吗？只用T-RFLP法，能确定是哪种菌吗？这种方法都可以分析出什么？文献说的都不太清楚，之前没有做过这个也没人指导有点困难。。。。谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2013-09-16 11:29:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

龙小娴

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-15 17:37:10
能重复最好了，不重复的话得到的结果不太精确。
Height和Area代表了某个片段出现概率的大小
所以要是不重复的话，能知道样品中有哪些片段，但是不知道具体片段占的比例
图片中我不是用的这个软件，也不知道怎么 ...

我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种，还有相似度是多少，这个是怎么得出的，可能吗？我说的mica网站能确定可能的几种菌，要确定哪种还要其他方法，还是根本不能确定呢？T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、均匀度还有其他的分析结果吗？你用的那种软件，都做过什么分析呀？谢谢
赞一下 回复此楼
8楼2013-09-16 13:08:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

better2023

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-16 13:08:52
我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种，还有相似度是多少，这个是怎么得出的，可能吗？我说的mica网站能确定可能的几种菌，要确定哪种还要其他方法，还是根本不能确定呢？T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、 ...

我只是为了测序才用这个的：我有很多个克隆，全部测太贵不现实，于是用T-RFLP找出序列不同的，相同的测一个就行了
所以我对这个也只是粗略的了解，最好的办法就是多读文献，带着问题去读，我相信你能搞定的
赞一下 回复此楼
9楼2013-09-16 20:00:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 龙小娴 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 0703化学调剂 ，六级已过，有科研经历 +7 曦熙兮 2026-03-15 7/350 2026-03-16 16:34 by houyaoxu
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[基金申请] 有必要更换申报口吗 20+3 fannyamoy 2026-03-11 3/150 2026-03-14 00:52 by zhanghaozhu
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 311求调剂 +5 牛乳糖的卡卡 2026-03-10 5/250 2026-03-14 00:05 by JourneyLucky
[考研] 336求调剂 +6 Iuruoh 2026-03-11 6/300 2026-03-13 22:06 by JourneyLucky
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] （081700）化学工程与技术-298分求调剂 +12 11啦啦啦 2026-03-11 35/1750 2026-03-13 21:25 by JourneyLucky
[考研] 【考研调剂求收留】 +3 Ceciilia 2026-03-11 3/150 2026-03-13 20:18 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +3 小匕仔汁 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:17 by vgtyfty
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
[考研] 化工学硕306求调剂 +9 42838695 2026-03-12 9/450 2026-03-13 10:16 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭