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龙小娴

银虫 (小有名气)

[求助] 求助 STR结果的 TRFLP 数据分析

在生工做了STR返回了数据不知道怎么分析,在论坛看了之前有人求助,有虫友说用mica还有T-REX网站,mica提交后总出现HTTP 404没有结果,T-REX要提交一个labels file ,生工返回的数据只是峰图和raw data file,labels file不知道怎么写,求高人指点。
另外听说bio-dap也可以分析网上也没有找到使用说明。
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析
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求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-1
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better2023

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 龙小娴 at 2013-09-16 13:08:52
我看到有人根据限制性片段长度得出是什么菌种,还有相似度是多少,这个是怎么得出的,可能吗?我说的mica网站能确定可能的几种菌,要确定哪种还要其他方法,还是根本不能确定呢?T-rflp法除了能用bio-dap做多样性、 ...

我只是为了测序才用这个的:我有很多个克隆,全部测太贵不现实,于是用T-RFLP找出序列不同的,相同的测一个就行了
所以我对这个也只是粗略的了解,最好的办法就是多读文献,带着问题去读,我相信你能搞定的
9楼2013-09-16 20:00:12
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better2023

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
龙小娴: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-09-13 13:21:49
没有结果的原因可能是因为off scale,就是样品浓度太高,超过纵坐标量程了;可以把height和are里面太大的数字人为改小点
3楼2013-09-13 02:29:08
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龙小娴

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale,就是样品浓度太高,超过纵坐标量程了;可以把height和are里面太大的数字人为改小点

改小是不是结果就不对了,实验是要重做的吧,另外这几项怎么填写呢?
求助 STR结果的 TRFLP 数据分析-2
mica.jpg

4楼2013-09-13 12:35:46
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龙小娴

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by better2023 at 2013-09-13 02:29:08
没有结果的原因可能是因为off scale,就是样品浓度太高,超过纵坐标量程了;可以把height和are里面太大的数字人为改小点

求回复
5楼2013-09-14 10:27:01
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