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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 细菌基因组测序 成本到底有多少？
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shellyxss

金虫 (正式写手)

[求助] 细菌基因组测序 成本到底有多少？ 已有8人参与

如题，一上来就是好几万，难道成本真的很高？还是说基因组测序这个行业潜规则就是这样？
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1楼 2014-10-21 10:38:19
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

holyala

木虫 (著名写手)

砖家
★ ★ ★
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-10-24 20:39:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 12:09:44
我说的是全基因组测序...

二代测序的话，基因组测序一般的市场价是这样的。（实际浮动较大，仅供参考）

核酸提取：200元/样本
文库制备：1000-2000元/样本
上机测序：800~1500元/Gb raw data或clean data
信息分析：1500~3000元/Gb

如果按照5Mb的细菌基因组，测100X的深度，需要大约0.5Gb数据，按照上面的最高价计算（不足1Gb的按1Gb算），一个细菌全基因组测序5700元左右。但是，由于细菌全基因组所需数据量小，不容易凑run，利润空间也比较小，所以很多公司要么不愿意接，要么就把价格打包，报高一点，也是正常的。
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21楼2014-10-22 17:26:42
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
21楼: Originally posted by holyala at 2014-10-22 17:26:42
二代测序的话，基因组测序一般的市场价是这样的。（实际浮动较大，仅供参考）

核酸提取：200元/样本
文库制备：1000-2000元/样本
上机测序：800~1500元/Gb raw data或clean data
信息分析：1500~3000元/Gb
...

哈，算错了，最高6700~
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22楼2014-10-22 17:28:10
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draco1987

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 猪尾巴草 at 2014-10-21 11:07:43
我们实验室送公司测序是800bp,20元

看好了，楼主问的是基因组测序。另外，你个冤大头，我们这里送测一个反应只要花15块。
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9楼2014-10-21 15:06:48
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-24 20:39:42
引用回帖:
10楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 15:31:30
谢谢了~不过总感觉像潜规则...

不是潜规则。现在测序用的试剂基本依赖国外试剂公司，什么时候能国产化了，价格会便宜很多。我们的Miseq测序仪，很少拿来测基因组（虽然Miseq长度会长些，但不如Hiseq的通量高），成本基本上都花在试剂上。
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17楼2014-10-21 19:49:57
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普通回帖

猪尾巴草

新虫 (小有名气)
★
myprayer: 金币+1, 鼓励发帖积极交流。 2014-10-21 12:09:12
我们实验室送公司测序是800bp,20元
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2楼2014-10-21 11:07:43
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-21 12:09:21
shellyxss: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-21 12:11:45
基因组测序要保证足够的测序深度，数据量很大，成本高是正常的，随着技术的进步，以后会越来越便宜的。
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3楼2014-10-21 11:20:26
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-10-21 12:09:32
shellyxss: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-10-21 12:13:53
基因组测序收费的确很高，测序后还有大量的数据分析。
关键是看你的实验有必要基因组测序吗？
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4楼2014-10-21 11:22:35
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shellyxss

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 猪尾巴草 at 2014-10-21 11:07:43
我们实验室送公司测序是800bp,20元

我说的是全基因组测序
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5楼2014-10-21 12:09:44
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shellyxss

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-21 11:20:26
基因组测序要保证足够的测序深度，数据量很大，成本高是正常的，随着技术的进步，以后会越来越便宜的。

成本高是因为需要储存大量的数据嘛？我不太懂
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6楼2014-10-21 12:11:32
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shellyxss

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by happydove at 2014-10-21 11:22:35
基因组测序收费的确很高，测序后还有大量的数据分析。
关键是看你的实验有必要基因组测序吗？

谢谢你了~
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7楼2014-10-21 12:13:47
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 12:11:32
成本高是因为需要储存大量的数据嘛？我不太懂...

主要是测序的试剂成本高. 数据分析的费用另算，收费也不便宜
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8楼2014-10-21 13:58:04
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shellyxss

金虫 (正式写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-21 13:58:04
主要是测序的试剂成本高. 数据分析的费用另算，收费也不便宜...

谢谢了~不过总感觉像潜规则
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10楼2014-10-21 15:31:30
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