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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

★ ★ ★
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-10-24 20:39:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 12:09:44
我说的是全基因组测序...

二代测序的话,基因组测序一般的市场价是这样的。(实际浮动较大,仅供参考)

核酸提取:200元/样本
文库制备:1000-2000元/样本
上机测序:800~1500元/Gb raw data或clean data
信息分析:1500~3000元/Gb

如果按照5Mb的细菌基因组,测100X的深度,需要大约0.5Gb数据,按照上面的最高价计算(不足1Gb的按1Gb算),一个细菌全基因组测序5700元左右。但是,由于细菌全基因组所需数据量小,不容易凑run,利润空间也比较小,所以很多公司要么不愿意接,要么就把价格打包,报高一点,也是正常的。
21楼2014-10-22 17:26:42
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

引用回帖:
21楼: Originally posted by holyala at 2014-10-22 17:26:42
二代测序的话,基因组测序一般的市场价是这样的。(实际浮动较大,仅供参考)

核酸提取:200元/样本
文库制备:1000-2000元/样本
上机测序:800~1500元/Gb raw data或clean data
信息分析:1500~3000元/Gb
...

哈,算错了,最高6700~
22楼2014-10-22 17:28:10
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shellyxss

金虫 (正式写手)

引用回帖:
22楼: Originally posted by holyala at 2014-10-22 17:28:10
哈,算错了,最高6700~...

谢谢了~
Always be curious about nature
23楼2014-10-23 11:55:13
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chenqing7728

木虫 (正式写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 16:06:53
精细图呢?...

精细图,要是使用第三代测序技术的话5W可以的。要是使用2代测序的在6W左右。
24楼2014-10-23 14:35:46
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家

引用回帖:
24楼: Originally posted by chenqing7728 at 2014-10-23 14:35:46
精细图,要是使用第三代测序技术的话5W可以的。要是使用2代测序的在6W左右。...

5W三代测序,6W二代测序,敢问有何根据?哪种三代测序仪?
25楼2014-10-23 15:42:11
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ranran212

禁虫 (初入文坛)

本帖内容被屏蔽

26楼2014-10-24 16:09:15
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664183455

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

做细菌基因组测序,得看你的细菌是否有参考基因组,如果有参考基因组的话,而且这种细菌的突变、缺失等不太多,价格就是上面holyala所说的那样。

如果没有参考基因组或者插入缺失等片段太多的话,那就属于denovo测序了,这个也要分精细图和完成图,完成图的话价格好几万也是正常的。 做完成图需要先用miseq或者hiseq测序(最好是Pair end)组装成一个个contig,然后是scaffold,目前经常采取的还要加上三代Pacbio的长度长来保证组装成功,算下来是要几万元的 。
27楼2014-10-31 10:59:59
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great07225388

新虫 (著名写手)

引用回帖:
13楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 16:06:53
精细图呢?...

给楼主一个参考吧。Hiseq平台,精细图价格在38000左右,包分析,前提是基因组不超过5M;Miseq平台,精细图价格在43000左右,包分析,前提仍然是细菌基因组不超过5M。如果超过5M,会加价。细菌完成图,价格在78000左右,包分析。前提仍然是不超过5M。现在价格贵的根本原因还是在于测序成本,像这样的基因组测序,需要建好几种不同类型,不同长度的库,需要测很多的数据量,需要很多的分析。国外的试剂也很贵,现在测序公司很多,不是说行业潜规则把价格抬这么高的。像现在测一个动植物的基因组,价格一百多万甚至几百万都很常见,甚至一些物种根本没法测序,都有的。
28楼2015-03-27 12:27:57
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hhaidong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

刚测了一个细菌的完成图,6M左右不到1万。如果草图更便宜,现在基因组测序便宜多了,但是细菌测序大多是科研需求,量上不去,不像人类基因组,没有规模效应,因此测序公司的利润必然很大很大
29楼2018-03-18 17:43:03
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在水壹方

新虫 (小有名气)

没什么潜规则,成本高,需要的高素质人材成本也高

发自小木虫Android客户端
30楼2018-03-19 00:23:40
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