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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 细菌基因组测序 成本到底有多少？
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
★ ★ ★
shellyxss(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-10-24 20:39:31
引用回帖:
5楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 12:09:44
我说的是全基因组测序...

二代测序的话，基因组测序一般的市场价是这样的。（实际浮动较大，仅供参考）

核酸提取：200元/样本
文库制备：1000-2000元/样本
上机测序：800~1500元/Gb raw data或clean data
信息分析：1500~3000元/Gb

如果按照5Mb的细菌基因组，测100X的深度，需要大约0.5Gb数据，按照上面的最高价计算（不足1Gb的按1Gb算），一个细菌全基因组测序5700元左右。但是，由于细菌全基因组所需数据量小，不容易凑run，利润空间也比较小，所以很多公司要么不愿意接，要么就把价格打包，报高一点，也是正常的。
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21楼2014-10-22 17:26:42
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
21楼: Originally posted by holyala at 2014-10-22 17:26:42
二代测序的话，基因组测序一般的市场价是这样的。（实际浮动较大，仅供参考）

核酸提取：200元/样本
文库制备：1000-2000元/样本
上机测序：800~1500元/Gb raw data或clean data
信息分析：1500~3000元/Gb
...

哈，算错了，最高6700~
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22楼2014-10-22 17:28:10
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shellyxss

金虫 (正式写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by holyala at 2014-10-22 17:28:10
哈，算错了，最高6700~...

谢谢了~
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Always be curious about nature
23楼2014-10-23 11:55:13
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chenqing7728

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 16:06:53
精细图呢？...

精细图，要是使用第三代测序技术的话5W可以的。要是使用2代测序的在6W左右。
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24楼2014-10-23 14:35:46
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holyala

木虫 (著名写手)

砖家
引用回帖:
24楼: Originally posted by chenqing7728 at 2014-10-23 14:35:46
精细图，要是使用第三代测序技术的话5W可以的。要是使用2代测序的在6W左右。...

5W三代测序，6W二代测序，敢问有何根据？哪种三代测序仪？
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25楼2014-10-23 15:42:11
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ranran212

禁虫 (初入文坛)
本帖内容被屏蔽
26楼2014-10-24 16:09:15
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664183455

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

做细菌基因组测序，得看你的细菌是否有参考基因组，如果有参考基因组的话，而且这种细菌的突变、缺失等不太多，价格就是上面holyala所说的那样。

如果没有参考基因组或者插入缺失等片段太多的话，那就属于denovo测序了，这个也要分精细图和完成图，完成图的话价格好几万也是正常的。 做完成图需要先用miseq或者hiseq测序（最好是Pair end）组装成一个个contig，然后是scaffold，目前经常采取的还要加上三代Pacbio的长度长来保证组装成功，算下来是要几万元的 。
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27楼2014-10-31 10:59:59
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great07225388

新虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by shellyxss at 2014-10-21 16:06:53
精细图呢？...

给楼主一个参考吧。Hiseq平台，精细图价格在38000左右，包分析，前提是基因组不超过5M；Miseq平台，精细图价格在43000左右，包分析，前提仍然是细菌基因组不超过5M。如果超过5M，会加价。细菌完成图，价格在78000左右，包分析。前提仍然是不超过5M。现在价格贵的根本原因还是在于测序成本，像这样的基因组测序，需要建好几种不同类型，不同长度的库，需要测很多的数据量，需要很多的分析。国外的试剂也很贵，现在测序公司很多，不是说行业潜规则把价格抬这么高的。像现在测一个动植物的基因组，价格一百多万甚至几百万都很常见，甚至一些物种根本没法测序，都有的。
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28楼2015-03-27 12:27:57
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hhaidong

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

刚测了一个细菌的完成图，6M左右不到1万。如果草图更便宜，现在基因组测序便宜多了，但是细菌测序大多是科研需求，量上不去，不像人类基因组，没有规模效应，因此测序公司的利润必然很大很大
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29楼2018-03-18 17:43:03
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在水壹方

新虫 (小有名气)
没什么潜规则，成本高，需要的高素质人材成本也高

发自小木虫Android客户端
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30楼2018-03-19 00:23:40
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