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memesasa

新虫 (初入文坛)

[求助] 熔解曲线单峰,但电泳却发现除目的条带外的非特异扩增带(亦非引物二聚体) 已有1人参与

骨髓瘤细胞系,目的基因MDM4-FL
反应体系:
正反引物各0.65 ul(浓度为0.3uM)
模板cDNA 7.6ul(TAKARA PrimeScript   RT reagent Kit反转后,-10×稀释 )
PCR MIX   12.4ul(ROCHE FastStart Universal SYBR Green Master (ROX))

反应程序:
预变性 95度    10min
变性     95度    10s
退火/延伸   58度  20s,40 cycles

熔解曲线为单峰,但电泳却能发现极少的非特异扩增条带(约500-700bp左右)。刚开始,我使用的退火温度为56度,该条带明显。58度仍然可见很少量的非特异条带。60度反而更明显(图3),最后将退火温度提高到62度,仍然存在。但不管什么温度,溶解曲线都是类似(图1)的单峰。此后,通过减少循环(从40降至35,)才基本消失(图2)。
marker从下往上,依次为100、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1500。
12%聚丙烯凝胶电泳。第3张电泳上样量分5ul、10ul。第2张电泳上样量5ul。第一张熔解曲线与第二张图是同一次扩增,
请问:
这样的熔解曲线能认定为单峰吗?
为何熔解曲线和电泳结果不一致呢?不是说熔解曲线更为敏感吗?
第4张图,提高退火温度(其他都没有变)后,为何非特异条带反而更浓?谢谢

熔解曲线单峰,但电泳却发现除目的条带外的非特异扩增带(亦非引物二聚体)
MDM4-FL 熔解.png


熔解曲线单峰,但电泳却发现除目的条带外的非特异扩增带(亦非引物二聚体)-1
电泳.jpg





熔解曲线单峰,但电泳却发现除目的条带外的非特异扩增带(亦非引物二聚体)-2
10-5 MDM4-FL 56 58 60原图.jpg
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xfflying1

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这个现象确实存在,具体原因不是很清楚,问了一些有经验的也不知道,可能的原因是由于扩增后期片段浓度过高,变性退火过程会发生偏差,单链跟单链或者引物的交错配对。溶解曲线是单峰就没什么问题的。如果真的需要找具体的原因可以将扩增产物回收测序,不过我们以前遇到这种情况也没有深究。
2楼2014-10-08 15:48:34
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memesasa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xfflying1 at 2014-10-08 15:48:34
这个现象确实存在,具体原因不是很清楚,问了一些有经验的也不知道,可能的原因是由于扩增后期片段浓度过高,变性退火过程会发生偏差,单链跟单链或者引物的交错配对。溶解曲线是单峰就没什么问题的。如果真的需要找 ...

谢谢你的热心回答,我主要感觉奇怪的是熔解曲线单峰,但电泳却有非目的片段。问技术支持也回答不上来
3楼2014-10-08 16:22:43
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memesasa

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xfflying1 at 2014-10-08 15:48:34
这个现象确实存在,具体原因不是很清楚,问了一些有经验的也不知道,可能的原因是由于扩增后期片段浓度过高,变性退火过程会发生偏差,单链跟单链或者引物的交错配对。溶解曲线是单峰就没什么问题的。如果真的需要找 ...

回收测序是需要切胶回收、构建质粒才行把。没做过啊
4楼2014-10-09 12:53:18
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