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prodrg生成小分子不同文件时的问题已有1人参与
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想用Gromacs模拟小分子，在prodrg中输入分子式，如CH3(CH2)25CH3，结果生成小分子坐标文件和itp时，不是以单个原子为单元的，而是以CH3或CH2为一组的，提供的itp如下。有什么办法能得到atom命名为C、H的，type类型为C、H的itp,而不是以原子组CH3或者CH2的形式。请大神们帮帮忙~~ [ moleculetype ] ; Name nrexcl LIG 3 [ atoms ] ; nr type resnr resid atom cgnr charge mass 1 CH3 1 LIG CAZ 1 -0.023 15.0350 2 CH2 1 LIG CAX 1 0.001 14.0270 3 CH2 1 LIG CAW 1 0.004 14.0270 4 CH2 1 LIG CAT 1 0.004 14.0270 5 CH2 1 LIG CAR 1 0.004 14.0270 6 CH2 1 LIG CAP 1 0.005 14.0270 7 CH2 1 LIG CAN 1 0.005 14.0270 8 CH2 1 LIG CAM 2 0.000 14.0270 9 CH2 1 LIG CAJ 2 0.000 14.0270 10 CH2 1 LIG CAH 2 -0.001 14.0270 11 CH2 1 LIG CAF 2 0.001 14.0270 12 CH2 1 LIG CAD 3 0.000 14.0270 13 CH2 1 LIG CAB 3 0.000 14.0270 14 CH2 1 LIG CAA 3 -0.001 14.0270 15 CH2 1 LIG CAC 3 0.001 14.0270 16 CH2 1 LIG CAE 4 0.000 14.0270 17 CH2 1 LIG CAG 4 0.000 14.0270 18 CH2 1 LIG CAI 4 0.000 14.0270 19 CH2 1 LIG CAK 5 0.000 14.0270 20 CH2 1 LIG CAL 5 0.000 14.0270 21 CH2 1 LIG CAO 6 0.004 14.0270 22 CH2 1 LIG CAQ 6 0.003 14.0270 23 CH2 1 LIG CAS 6 0.003 14.0270 24 CH2 1 LIG CAU 6 0.003 14.0270 25 CH2 1 LIG CAV 6 0.005 14.0270 26 CH2 1 LIG CAY 6 0.004 14.0270 27 CH3 1 LIG CBA 6 -0.022 15.0350 [ bonds ] ; ai aj fu c0, c1, ... 2 1 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAX CAZ 2 3 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAX CAW 3 4 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAW CAT 4 5 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAT CAR 5 6 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAR CAP 6 7 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAP CAN 7 8 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAN CAM 8 9 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAM CAJ 9 10 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAJ CAH 10 11 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAH CAF 11 12 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAF CAD 12 13 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAD CAB 13 14 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAB CAA 14 15 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAA CAC 15 16 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAC CAE 16 17 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAE CAG 17 18 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAG CAI 18 19 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAI CAK 19 20 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAK CAL 20 21 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAL CAO 21 22 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAO CAQ 22 23 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAQ CAS 23 24 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAS CAU 24 25 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAU CAV 25 26 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAV CAY 26 27 2 0.153 7150000.0 0.153 7150000.0 ; CAY CBA [ pairs ] ; ai aj fu c0, c1, ... 1 4 1 ; CAZ CAT 2 5 1 ; CAX CAR 3 6 1 ; CAW CAP 4 7 1 ; CAT CAN 5 8 1 ; CAR CAM 6 9 1 ; CAP CAJ 7 10 1 ; CAN CAH 8 11 1 ; CAM CAF 9 12 1 ; CAJ CAD 10 13 1 ; CAH CAB 11 14 1 ; CAF CAA 12 15 1 ; CAD CAC 13 16 1 ; CAB CAE 14 17 1 ; CAA CAG 15 18 1 ; CAC CAI 16 19 1 ; CAE CAK 17 20 1 ; CAG CAL 18 21 1 ; CAI CAO 19 22 1 ; CAK CAQ 20 23 1 ; CAL CAS 21 24 1 ; CAO CAU 22 25 1 ; CAQ CAV 23 26 1 ; CAS CAY 24 27 1 ; CAU CBA [ angles ] ; ai aj ak fu c0, c1, ... 1 2 3 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAZ CAX CAW 2 3 4 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAX CAW CAT 3 4 5 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAW CAT CAR 4 5 6 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAT CAR CAP 5 6 7 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAR CAP CAN 6 7 8 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAP CAN CAM 7 8 9 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAN CAM CAJ 8 9 10 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAM CAJ CAH 9 10 11 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAJ CAH CAF 10 11 12 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAH CAF CAD 11 12 13 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAF CAD CAB 12 13 14 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAD CAB CAA 13 14 15 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAB CAA CAC 14 15 16 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAA CAC CAE 15 16 17 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAC CAE CAG 16 17 18 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAE CAG CAI 17 18 19 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAG CAI CAK 18 19 20 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAI CAK CAL 19 20 21 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAK CAL CAO 20 21 22 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAL CAO CAQ 21 22 23 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAO CAQ CAS 22 23 24 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAQ CAS CAU 23 24 25 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAS CAU CAV 24 25 26 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAU CAV CAY 25 26 27 2 109.5 520.0 109.5 520.0 ; CAV CAY CBA [ dihedrals ] ; ai aj ak al fu c0, c1, m, ... 4 3 2 1 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAT CAW CAX CAZ 5 4 3 2 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAR CAT CAW CAX 6 5 4 3 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAP CAR CAT CAW 7 6 5 4 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAN CAP CAR CAT 8 7 6 5 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAM CAN CAP CAR 9 8 7 6 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAJ CAM CAN CAP 10 9 8 7 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAH CAJ CAM CAN 11 10 9 8 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAF CAH CAJ CAM 12 11 10 9 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAD CAF CAH CAJ 13 12 11 10 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAB CAD CAF CAH 14 13 12 11 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAA CAB CAD CAF 15 14 13 12 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAC CAA CAB CAD 16 15 14 13 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAE CAC CAA CAB 17 16 15 14 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAG CAE CAC CAA 18 17 16 15 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAI CAG CAE CAC 19 18 17 16 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAK CAI CAG CAE 20 19 18 17 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAL CAK CAI CAG 21 20 19 18 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAO CAL CAK CAI 22 21 20 19 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAQ CAO CAL CAK 23 22 21 20 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAS CAQ CAO CAL 24 23 22 21 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAU CAS CAQ CAO 25 24 23 22 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAV CAU CAS CAQ 26 25 24 23 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CAY CAV CAU CAS 27 26 25 24 1 0.0 5.9 3 0.0 5.9 3 ; dih CBA CAY CAV CAU |
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