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voleyes

银虫 (正式写手)

[求助] 有没有能够改变蛋白质分子总体构型的软件 已有1人参与

比如我有一个直链形的蛋白质,想把它在视觉效果上弄弯,这个有软件能够操作吗?
如果一点一点的改构型会比较麻烦,因为蛋白质构型很大,不好操作
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polypro

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
voleyes: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-09-26 11:46:58
这个简单,在主链某个位置转一个二面角(PHI或PSI),后面的所有原子都转一下,需要的话我给你一个二面角转的子程序,外加一个循环就行了。
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
2楼2014-09-24 20:42:16
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voleyes

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by polypro at 2014-09-24 20:42:16
这个简单,在主链某个位置转一个二面角(PHI或PSI),后面的所有原子都转一下,需要的话我给你一个二面角转的子程序,外加一个循环就行了。

谢谢,程序能否发给我  okakasdu@126.com
3楼2014-09-26 11:49:27
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polypro

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by voleyes at 2014-09-26 11:49:27
谢谢,程序能否发给我  okakasdu@126.com...

!!rotate atoms from iatom0 to iatom1     
do i=iatom0,iatom1   
        x=xx(i)
        y=yy(i)
        z=zz(i)
        call rotate_matrix2(x,y,z,ax,ay,az,xi,yi,zi,angg)  !C
        xx(i)=x
        yy(i)=y
        zz(i)=z        
     enddo
  subroutine rotate_matrix2(x,y,z,ax,ay,az,xi,yi,zi,an) !rotate (x,y,z) with origin (ax,ay,az) around axis (xi,yi,zi) with angle an
    implicit none
    real x,y,z,ax,ay,az,xi,yi,zi,an
    real r,r12,r23,r13,rcor
    real xr,yr,zr
    real x0,y0,z0    !!only use in test
    integer i,j,k
r=sqrt(xi*xi+yi*yi+zi*zi)
if(r<0.1)goto 101
x0=x
y0=y
x0=z
xi=xi/r
yi=yi/r
zi=zi/r
r12=xi*xi+yi*yi
r23=yi*yi+zi*zi
r13=xi*xi+zi*zi
rcor=xi*x+yi*y+zi*z
xr=ax*r23+xi*(-ay*yi-az*zi+rcor)+((x-ax)*r23+xi*(ay*yi+az*zi-yi*y-zi*z))*cos(an)+(ay*zi-az*yi-zi*y+yi*z)*sin(an)
yr=ay*r13+yi*(-ax*xi-az*zi+rcor)+((y-ay)*r13+yi*(ax*xi+az*zi-xi*x-zi*z))*cos(an)+(-ax*zi+az*xi+zi*x-xi*z)*sin(an)
zr=az*r12+zi*(-ax*xi-ay*yi+rcor)+((z-az)*r12+zi*(ax*xi+ay*yi-xi*x-yi*y))*cos(an)+(ax*yi-ay*xi-yi*x+xi*y)*sin(an)
x=xr
y=yr
z=zr
!if(abs(x)+abs(y)+abs(z)<0.001)then
!   print*,"warning",xi,yi,zi,r,x,y,z,an,x0,y0,z0
!endif
101 continue
  end subroutine rotate_matrix2
泉涸,鱼相与处于陆,相呴以湿,相濡以沫,不如相忘于江湖。
4楼2014-09-27 21:07:41
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