| 查看: 1076 | 回复: 1 | ||
yechao258新虫 (初入文坛)
|
[求助]
求助：如何NAMD的psf 文件转化成Gromacs的top文件 已有1人参与
|
|
RT 本人今年新研一枚。 老板起先拿了一个体系，让我看懂以后跑namd，但是由于资源有限只能用64个核跑，导致跑一个系统要15天，太慢了。于是老板就让我把namd系统转成gromacs，我对gromacs懂得多一些，对namd就接触了不到一周，不知道从哪里做起。实验室的师兄师姐也没有人做过这样的工作，所以就来小木虫求助了。今天，在网上搜了一天，发现一个Python 里面有一个Pytopol.py ，还有个VMD 里面的topotools可以做，但是网上的解释都不是很清楚。不知道有没有大侠做过这样的工作指点一下。 PS：由于囊肿羞涩，给不起更多的金币了、、 |
回复此楼» 猜你喜欢
求助
已经有4人回复
-
0805材料320求调剂
已经有3人回复
-
297求调剂
已经有11人回复
-
268求调剂
已经有9人回复
-
一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂
已经有10人回复
-
278求调剂
已经有7人回复
-
26考研一志愿中国石油大学(华东)305分求调剂
已经有5人回复
-
280求调剂
已经有9人回复
-
279求调剂
已经有5人回复
-
286求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何将小分子Jmol格式转化为pdb格式
已经有4人回复
- 请问如何获取小分子的pdb文件
已经有13人回复
- 关于HSA的pdb文件！
已经有3人回复
- Namd， Gromacs 可以计算分子中电荷分布随时间的变化吗？
已经有4人回复
- Gromacs和NAMD哪个更好
已经有4人回复
- gromacs自己添加residue遇到的问题
已经有6人回复
- MS模拟结果文件被移动了，之后就打不开了
已经有9人回复
- gromacs，用pdb文件生成top文件时遇到的问题
已经有4人回复
- 如何使用gromacs进行多分子模拟？
已经有7人回复
- gmx不认小分子PDB残基怎么办？？
已经有4人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
- 【求助】namd和vmd就只能识别.pdb.psf.coor.vel等文件吗
已经有6人回复
2楼2014-09-04 10:38:28
40