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yechao258

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 87.5
散金: 100
帖子: 44
在线: 50小时
虫号: 2451092
注册: 2013-05-06
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

[求助] 求助：如何NAMD的psf 文件转化成Gromacs的top文件已有1人参与

RT
本人今年新研一枚。
老板起先拿了一个体系，让我看懂以后跑namd，但是由于资源有限只能用64个核跑，导致跑一个系统要15天，太慢了。于是老板就让我把namd系统转成gromacs，我对gromacs懂得多一些，对namd就接触了不到一周，不知道从哪里做起。实验室的师兄师姐也没有人做过这样的工作，所以就来小木虫求助了。今天，在网上搜了一天，发现一个Python 里面有一个Pytopol.py ，还有个VMD 里面的topotools可以做，但是网上的解释都不是很清楚。不知道有没有大侠做过这样的工作指点一下。
PS：由于囊肿羞涩，给不起更多的金币了、、

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1楼 2014-09-03 17:29:06

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

rocksliu

金虫 (小有名气)

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专业: 合成药物化学

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1

你可以用pdb文件生成top文件，使用pdb2gmx命令实现

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