24小时热门版块排行榜    

查看: 1053  |  回复: 1

yechao258

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:如何NAMD的psf 文件转化成Gromacs的top文件 已有1人参与

RT
本人今年新研一枚。
老板起先拿了一个体系,让我看懂以后跑namd,但是由于资源有限只能用64个核跑,导致跑一个系统要15天,太慢了。于是老板就让我把namd系统转成gromacs,我对gromacs懂得多一些,对namd就接触了不到一周,不知道从哪里做起。实验室的师兄师姐也没有人做过这样的工作,所以就来小木虫求助了。今天,在网上搜了一天,发现一个Python 里面有一个Pytopol.py ,还有个VMD 里面的topotools可以做,但是网上的解释都不是很清楚。不知道有没有大侠做过这样的工作指点一下。
PS:由于囊肿羞涩,给不起更多的金币了、、
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rocksliu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你可以用pdb文件生成top文件,使用pdb2gmx命令实现
2楼2014-09-04 10:38:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yechao258 的主题更新
信息提示
请填处理意见