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关于催化剂与分子结合过程模拟以及其能垒的计算
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yuyi2009
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关于催化剂与分子结合过程模拟以及其能垒的计算
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本人马上研二,想到自己可能感兴趣的方向,但是对此了解不多,希望知晓的同仁提点一二。
在我做的课题实验里面有一部分想模拟一下,就是一个基团,例如甲基以一定的角度和催化剂上面螯合物的配体结合并转化,然后用密度泛函理论计算出能垒来评价催化剂效果
。由于我们这边从来没有人做过,我是一个开荒者,大家能不能给我点思路,用MS软件可以完成这个么,谢谢!
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【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些?
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1楼
2014-08-28 12:50:10
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感谢参与,应助指数 +1
yuyi2009: 金币+25,
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2014-08-28 17:40:22
这个就是过渡态的寻找。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
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2楼
2014-08-28 14:58:24
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yuyi2009: 金币+25,
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2014-08-28 17:40:31
MS软件 Dmol3或者CASTEP模块可以做。
如果你是硕士,建议你尽快着手,时间很紧。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
3楼
2014-08-28 15:12:49
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:
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月只蓝
at 2014-08-28 15:12:49
MS软件 Dmol3或者CASTEP模块可以做。
如果你是硕士,建议你尽快着手,时间很紧。
好吧,这只是我课题里面的一个小部分啊~
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2014-08-28 16:00:59
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月只蓝
at 2014-08-28 15:12:49
MS软件 Dmol3或者CASTEP模块可以做。
如果你是硕士,建议你尽快着手,时间很紧。
可以用Gaussian么?
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5楼
2014-08-28 16:01:24
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戴世杰
at 2014-08-28 14:58:24
这个就是过渡态的寻找。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
请问能不能具体把过程跟我讲讲呢?对这个真的不是很懂呢。这个反应的机理基本已经清楚,然后如果要模拟这个过程,需要哪些条件呢。还烦请推荐几本书给我啊,新手。
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6楼
2014-08-28 16:03:22
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yuyi2009
at 2014-08-28 16:03:22
请问能不能具体把过程跟我讲讲呢?对这个真的不是很懂呢。这个反应的机理基本已经清楚,然后如果要模拟这个过程,需要哪些条件呢。还烦请推荐几本书给我啊,新手。...
机理清楚就好办,把每一步基元反应的反应物和产物构造出来,用ts2方法寻找过渡态。
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7楼
2014-08-28 16:07:28
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6楼
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yuyi2009
at 2014-08-28 16:03:22
请问能不能具体把过程跟我讲讲呢?对这个真的不是很懂呢。这个反应的机理基本已经清楚,然后如果要模拟这个过程,需要哪些条件呢。还烦请推荐几本书给我啊,新手。...
高斯和dmol3都可以算,不过我对高斯熟悉些。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
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8楼
2014-08-28 16:08:45
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戴世杰
at 2014-08-28 16:08:45
高斯和dmol3都可以算,不过我对高斯熟悉些。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
...
哦,谢谢学长。有没有推荐什么资料啊,方便的话最好能留个QQ,谢谢。
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9楼
2014-08-28 16:11:38
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yuyi2009
at 2014-08-28 16:11:38
哦,谢谢学长。有没有推荐什么资料啊,方便的话最好能留个QQ,谢谢。...
高斯手册或者ms帮助文件。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
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yuyi2009
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