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在执行mdrun时出现问题，求助？ 已有1人参与
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在利用Gromacs执行mdrun时出现这样的问题， Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision) starting mdrun 'DMIM-PF6 Amber RESP' 5000 steps, 10.0 ps. Warning: 1-4 interaction between 2932 and 2939 at distance 8.365 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size Step 1 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.9833e+07 1.9833e+07 1.9833e+07 [master:20371] *** Process received signal *** [master:20371] Signal: Segmentation fault (11) [master:20371] Signal code: Address not mapped (1) [master:20371] Failing at address: 0x2b92a57ec014 [master:20371] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x31ebc0f4a0] [master:20371] [ 1] mdrun(nb_kernel330+0x2c3) [0x6f3673] [master:20371] [ 2] mdrun(do_listed_vdw_q+0xae2) [0x6dc792] [master:20371] [ 3] mdrun(calc_bonds+0x261) [0x654f11] [master:20371] [ 4] mdrun(do_force_lowlevel+0xb93) [0x477833] [master:20371] [ 5] mdrun(do_force+0xdb9) [0x4d5339] [master:20371] [ 6] mdrun(do_md+0x6116) [0x436b96] [master:20371] [ 7] mdrun(mdrunner+0x1183) [0x430823] [master:20371] [ 8] mdrun(main+0xa7d) [0x43984d] [master:20371] [ 9] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x31eb41ecdd] [master:20371] [10] mdrun() [0x421d39] [master:20371] *** End of error message *** Segmentation fault (core dumped) 麻烦大家帮我看看是什么原因呢？ |
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小五bbboy5楼2018-03-28 18:27:44
2楼2014-08-24 13:48:25
bakyym
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