| 查看: 2248 | 回复: 5 | ||
[求助]
在执行mdrun时出现问题，求助？ 已有1人参与
|
|
在利用Gromacs执行mdrun时出现这样的问题， Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision) starting mdrun 'DMIM-PF6 Amber RESP' 5000 steps, 10.0 ps. Warning: 1-4 interaction between 2932 and 2939 at distance 8.365 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm These are ignored for the rest of the simulation This usually means your system is exploding, if not, you should increase table-extension in your mdp file or with user tables increase the table size Step 1 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.9833e+07 1.9833e+07 1.9833e+07 [master:20371] *** Process received signal *** [master:20371] Signal: Segmentation fault (11) [master:20371] Signal code: Address not mapped (1) [master:20371] Failing at address: 0x2b92a57ec014 [master:20371] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x31ebc0f4a0] [master:20371] [ 1] mdrun(nb_kernel330+0x2c3) [0x6f3673] [master:20371] [ 2] mdrun(do_listed_vdw_q+0xae2) [0x6dc792] [master:20371] [ 3] mdrun(calc_bonds+0x261) [0x654f11] [master:20371] [ 4] mdrun(do_force_lowlevel+0xb93) [0x477833] [master:20371] [ 5] mdrun(do_force+0xdb9) [0x4d5339] [master:20371] [ 6] mdrun(do_md+0x6116) [0x436b96] [master:20371] [ 7] mdrun(mdrunner+0x1183) [0x430823] [master:20371] [ 8] mdrun(main+0xa7d) [0x43984d] [master:20371] [ 9] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x31eb41ecdd] [master:20371] [10] mdrun() [0x421d39] [master:20371] *** End of error message *** Segmentation fault (core dumped) 麻烦大家帮我看看是什么原因呢？ |
回复此楼» 猜你喜欢
材料调剂
已经有7人回复
-
化学工程085602 305分求调剂
已经有10人回复
-
289求调剂
已经有15人回复
-
291 求调剂
已经有7人回复
-
274求调剂
已经有14人回复
-
北京林业大学硕导招生广告
已经有3人回复
-
309求调剂
已经有5人回复
-
292求调剂
已经有8人回复
-
求调剂
已经有4人回复
-
一志愿 西北大学 总分282 英语一62 求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- gromacs运行问题
已经有9人回复
- 请教gromacs蛋白与小分子相互作用分析
已经有12人回复
- GROMACS运行出错了，求助中
已经有15人回复
- gromacs编译安装
已经有11人回复
- 求助！在每个时间步长内都能执行一次初始化么？
已经有4人回复
- gromacs运行出错，求方案，谢谢！！！
已经有6人回复
- 在gromacs中运行mdrun命令时出错
已经有10人回复
- [新手求教]安装Gromacs后，查看pdb2gmx命令，显示无此命令
已经有9人回复
- 为什么要进行能量最小化？
已经有7人回复
- 【求助】gromacs-4 mdrun死掉
已经有20人回复
- 【求助】gromacs出现了一个问题
已经有10人回复
- 【求助】安装问题，安装后程序无法执行
已经有12人回复
- 【求助】做MD时，溶剂盒子应该加多大算合适呢？
已经有6人回复
2楼2014-08-24 13:48:25
bakyym
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2503.2
- 帖子: 66
- 在线: 27.6小时
- 虫号: 2240593
- 注册: 2013-01-14
- 性别: GG
- 专业: 高分子物理与高分子物理化
3楼2015-03-13 21:55:13
4楼2018-03-22 09:02:52
小五bbboy5楼2018-03-28 18:27:44
小五bbboy
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 357.2
- 沙发: 1
- 帖子: 63
- 在线: 5.1小时
- 虫号: 5096513
- 注册: 2016-10-08
- 专业: 膜生物化学与膜生物物理学
6楼2020-08-19 21:34:40
