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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 在执行mdrun时出现问题，求助？
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wuyoung

新虫 (小有名气)

[求助] 在执行mdrun时出现问题，求助？ 已有1人参与

在利用Gromacs执行mdrun时出现这样的问题，

Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision)
starting mdrun 'DMIM-PF6            Amber RESP'
5000 steps,     10.0 ps.
Warning: 1-4 interaction between 2932 and 2939 at distance 8.365 which is larger than the 1-4 table size 2.000 nm
These are ignored for the rest of the simulation
This usually means your system is exploding,
if not, you should increase table-extension in your mdp file
or with user tables increase the table size

Step 1  Warning: pressure scaling more than 1%, mu: 1.9833e+07 1.9833e+07 1.9833e+07
[master:20371] *** Process received signal ***
[master:20371] Signal: Segmentation fault (11)
[master:20371] Signal code: Address not mapped (1)
[master:20371] Failing at address: 0x2b92a57ec014
[master:20371] [ 0] /lib64/libpthread.so.0() [0x31ebc0f4a0]
[master:20371] [ 1] mdrun(nb_kernel330+0x2c3) [0x6f3673]
[master:20371] [ 2] mdrun(do_listed_vdw_q+0xae2) [0x6dc792]
[master:20371] [ 3] mdrun(calc_bonds+0x261) [0x654f11]
[master:20371] [ 4] mdrun(do_force_lowlevel+0xb93) [0x477833]
[master:20371] [ 5] mdrun(do_force+0xdb9) [0x4d5339]
[master:20371] [ 6] mdrun(do_md+0x6116) [0x436b96]
[master:20371] [ 7] mdrun(mdrunner+0x1183) [0x430823]
[master:20371] [ 8] mdrun(main+0xa7d) [0x43984d]
[master:20371] [ 9] /lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xfd) [0x31eb41ecdd]
[master:20371] [10] mdrun() [0x421d39]
[master:20371] *** End of error message ***
Segmentation fault (core dumped)

麻烦大家帮我看看是什么原因呢？
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1楼 2014-08-21 16:16:33
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青青白白123

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by bakyym at 2015-03-13 21:55:13
我出现了同样的问题，请问楼主现在知道是什么原因了吗？

我也是这样 ，请问解决了吗
赞一下 回复此楼
4楼2018-03-22 09:02:52
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查看全部 6 个回答

rocksliu

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
应该是某个参数设置不正确，再仔细检查检查
赞一下 回复此楼
2楼2014-08-24 13:48:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bakyym

木虫 (小有名气)
我出现了同样的问题，请问楼主现在知道是什么原因了吗？
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-13 21:55:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

田亚锋

铁虫 (初入文坛)
楼主你好，我也遇到了相同的问题，请问你解决了吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

小五bbboy
5楼2018-03-28 18:27:44
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