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boshiyin

新虫 (初入文坛)

[求助] 过渡态求助:两个原子振动的过渡态该如何寻找呢? 已有1人参与

各位大侠好!这个问题困了我快一个月了,主要是牵扯到两个原子在振动,具体如图所示。这步的反应是15号氢原子从14号氧原子跑到12号氧原子上,而9号氢原子从4号碳原子上跑到3号碳原子上。输入文件如下
# opt=(calcfc,qst3,maxcycle=200) freq b3lyp/6-31++g(d,p) scrf=(solvent=water,read)
nosymm geom=connectivity

计算完后是收敛的,但是是9号氢原子在震来震去,而15号氢原子却固定在14号氧原子上没动,明显不是我想要的。具体的输出文件附上,恳请各位高手指点一下,这种反应的过渡态到底该怎么做呢?是不是像我过渡态那么画的呢。过渡态求助:两个原子振动的过渡态该如何寻找呢?
反应物.jpg


过渡态求助:两个原子振动的过渡态该如何寻找呢?-1
产物.jpg


过渡态求助:两个原子振动的过渡态该如何寻找呢?-2
过渡态.jpg


附件输出中的原子顺序不是我附图的这个,但是原理都一样的,都存在同样的问题,因为我试了很多次,所以顺序不一样。关键是这种问题该怎么解决呢?
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  • 附件 1 : 4-1-238.log
  • 2014-08-21 13:55:27, 1.99 M

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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
boshiyin: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-08-21 22:32:57
一般来讲两个原子同时交换位置的过渡态能量高,楼主这种情况基本上都是分步进行的...
2楼2014-08-21 14:36:50
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boshiyin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fatpig8832 at 2014-08-21 14:36:50
一般来讲两个原子同时交换位置的过渡态能量高,楼主这种情况基本上都是分步进行的...

奥?分步进行,麻烦能讲细一点吗?
3楼2014-08-21 14:45:46
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by boshiyin at 2014-08-21 14:45:46
奥?分步进行,麻烦能讲细一点吗?...

你现在找到了9号氢原子在振动,且15号没动的过渡态,这个是合理的。

沿着这个过渡态做IRC,你会找到一个9号和3号已经连在一起,但15号没动的中间体。

根据这个中间体再找一个15号振动的过渡态即可。

简单地说,这两个氢原子无法同时转移,你需要找两个过渡态,一次转移一个...
4楼2014-08-21 14:52:55
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boshiyin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fatpig8832 at 2014-08-21 14:52:55
你现在找到了9号氢原子在振动,且15号没动的过渡态,这个是合理的。

沿着这个过渡态做IRC,你会找到一个9号和3号已经连在一起,但15号没动的中间体。

根据这个中间体再找一个15号振动的过渡态即可。

简单 ...

谢谢您的回复,您的意思是把中间体作为反应物,然后继续寻找过渡态吗?
5楼2014-08-21 15:32:57
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boshiyin

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by fatpig8832 at 2014-08-21 14:52:55
你现在找到了9号氢原子在振动,且15号没动的过渡态,这个是合理的。

沿着这个过渡态做IRC,你会找到一个9号和3号已经连在一起,但15号没动的中间体。

根据这个中间体再找一个15号振动的过渡态即可。

简单 ...

我现在想直接把那个中间体画出来,但是这个中间体该怎么画呢,只需要把9号氢原子连到3号碳原子上就行了吗,那3号碳上的碳氧键变成单键吗?那氧原子就不是没能成键了吗。
6楼2014-08-21 15:43:52
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by boshiyin at 2014-08-21 15:43:52
我现在想直接把那个中间体画出来,但是这个中间体该怎么画呢,只需要把9号氢原子连到3号碳原子上就行了吗,那3号碳上的碳氧键变成单键吗?那氧原子就不是没能成键了吗。...

自己画也可以,不过最好还是做IRC,让程序帮你找,说不定在IRC的过程中,你的第二个氢也已经转移了。

至于gaussianview成键问题,不用在意。
7楼2014-08-21 16:25:04
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