应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » namd 模拟糖蛋白
61/1返回列表
查看: 1478  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ArthurFSun

铁虫 (小有名气)

[交流] namd 模拟糖蛋白 已有3人参与

各位专家，我想用NAMD模拟糖蛋白，糖的力场该如何处理啊？
GLYCAM应该是一个糖的力场，如何用它来生成NAMD模拟的psf文件，在onf文件中该怎样引用这个力场呢？
谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-08-12 01:03:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fhh2626

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
glycam是amber阵营的力场，只能和其他amber力场配套使用，你要用的话要先用ambertools生成amber的输入文件，然后用namd调用

一般来说用charmm相应的糖类力场就可以了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-08-12 10:26:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ArthurFSun

铁虫 (小有名气)
ambertools生成amber的输入文件，怎么做啊？我下载了glycam06,里面有好几个文件，有.dat文件,.prep文件,.lib文件，不知道怎么用，能给个教程吗？
赞一下 回复此楼
3楼2014-08-18 15:27:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

916756502

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by ArthurFSun at 2014-08-18 15:27:21
ambertools生成amber的输入文件，怎么做啊？我下载了glycam06,里面有好几个文件，有.dat文件,.prep文件,.lib文件，不知道怎么用，能给个教程吗？

我也是做糖的psf，找了个top文件，自己写了个pgn文件，可是生成的糖出现了分子分离，不知道为什么？
赞一下 回复此楼
4楼2014-10-24 14:51:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwusyao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2014-08-12 10:26:35
glycam是amber阵营的力场，只能和其他amber力场配套使用，你要用的话要先用ambertools生成amber的输入文件，然后用namd调用

一般来说用charmm相应的糖类力场就可以了
...

请问层主charmm相应的糖类力场怎么用，以前只用过蛋白的，本身学热能，生化方面的实在不懂，尤其是命名啊残基什么的，多谢！
赞一下 回复此楼
5楼2015-12-21 19:20:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwusyao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主问题解决没有 同样遇到糖类psf文件的建立，力场找不到，charmm力场中据说有糖基力场，但我没找到。。。
赞一下 回复此楼
6楼2016-03-08 19:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ArthurFSun 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭