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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » namd 模拟糖蛋白
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ArthurFSun

铁虫 (小有名气)

[交流] namd 模拟糖蛋白 已有3人参与

各位专家，我想用NAMD模拟糖蛋白，糖的力场该如何处理啊？
GLYCAM应该是一个糖的力场，如何用它来生成NAMD模拟的psf文件，在onf文件中该怎样引用这个力场呢？
谢谢了！
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1楼 2014-08-12 01:03:13
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fhh2626

木虫 (正式写手)
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glycam是amber阵营的力场，只能和其他amber力场配套使用，你要用的话要先用ambertools生成amber的输入文件，然后用namd调用

一般来说用charmm相应的糖类力场就可以了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2014-08-12 10:26:35
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ArthurFSun

铁虫 (小有名气)
ambertools生成amber的输入文件，怎么做啊？我下载了glycam06,里面有好几个文件，有.dat文件,.prep文件,.lib文件，不知道怎么用，能给个教程吗？
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3楼2014-08-18 15:27:21
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916756502

新虫 (初入文坛)
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3楼: Originally posted by ArthurFSun at 2014-08-18 15:27:21
ambertools生成amber的输入文件，怎么做啊？我下载了glycam06,里面有好几个文件，有.dat文件,.prep文件,.lib文件，不知道怎么用，能给个教程吗？

我也是做糖的psf，找了个top文件，自己写了个pgn文件，可是生成的糖出现了分子分离，不知道为什么？
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4楼2014-10-24 14:51:48
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jwusyao

新虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by fhh2626 at 2014-08-12 10:26:35
glycam是amber阵营的力场，只能和其他amber力场配套使用，你要用的话要先用ambertools生成amber的输入文件，然后用namd调用

一般来说用charmm相应的糖类力场就可以了
...

请问层主charmm相应的糖类力场怎么用，以前只用过蛋白的，本身学热能，生化方面的实在不懂，尤其是命名啊残基什么的，多谢！
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5楼2015-12-21 19:20:38
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jwusyao

新虫 (初入文坛)
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楼主问题解决没有 同样遇到糖类psf文件的建立，力场找不到，charmm力场中据说有糖基力场，但我没找到。。。
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6楼2016-03-08 19:09:32
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