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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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泡菜肉丝

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

[求助] 重叠PCR 已有8人参与

做重叠PCR,最后一步怎么也合不到一起,两个片段一个三百多一个四百多。做了各种梯度,touch down等,出来目的条带,但是非常淡,而且靠近一百左右有一条小带。希望有经验的朋友帮忙。
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shyh1983

管理员

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-31 20:22:04
建议看一下重叠部分的TM值,overPCR能重叠的关键是重叠部分的退火温度,如果高了,两个片段粘不到一块自然就扩不出来你要的750bp的片段。你可以先重叠部分的TM减去2-5℃,10个循环,在用750bp的上下游引物的TM值-5摄氏度,20个循环试试。
9楼2014-07-31 15:24:14
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zhaodahe

专家顾问

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-31 14:00:29
应该是做overlap PCR吧?不知道你overlap的序列多长?模板浓度如何?另外,100bp左右的条带如果是一坨,可能是引物。
2楼2014-07-31 09:30:06
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普通回帖

泡菜肉丝

管理员

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引用回帖:
2楼: Originally posted by zhaodahe at 2014-07-31 09:30:06
应该是做overlap PCR吧?不知道你overlap的序列多长?模板浓度如何?另外,100bp左右的条带如果是一坨,可能是引物。

嗯,是的,序列大概在750左右,模板浓度没有测过,但是能清晰的看到,也不低,我觉得也是引物,现在是尝试各种都不行,P出来的条带都很暗
3楼2014-07-31 09:43:34
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zhaodahe

超级版主

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-31 20:21:55
引用回帖:
3楼: Originally posted by 泡菜肉丝 at 2014-07-31 09:43:34
嗯,是的,序列大概在750左右,模板浓度没有测过,但是能清晰的看到,也不低,我觉得也是引物,现在是尝试各种都不行,P出来的条带都很暗...

如果PCR不好弄,可以增加overlap的长度,直接把两个小片段连到一起;或者以较弱的目的片段(750bp)的基础上再一次尝试扩增,反正750bp不容易产生突变。
4楼2014-07-31 11:32:21
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ksws0465326

专家顾问

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-07-31 14:00:37
个人认为,首先楼主应确认overlap两个片段,A片段下游与B片段上游部分的序列是否相同,个人觉得应该有20-40bp左右的共同序列才能进行重叠;其次,在设计和成AB两个片段时,pcr产物是否单一,浓度多少,考虑是否要进行胶回收提纯,提纯后两片段浓度是多少;再次,根据DNA聚合酶的不同,所需要加入的两个片段的模板量也会不同,50微升体系中有的酶需要加100ng以上的模板,而有的酶只需要加几ng到20几ng;再有,体系中引物浓度是否适中,根据聚合酶的不同退火,延伸的温度都有不同,如退火50-60,延伸68-72等等,pcr反应循环数30-40或者再多。再者,楼主可以试着做下模板浓度梯度。祝楼主早日成功!
5楼2014-07-31 11:45:47
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泡菜肉丝

版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
5楼: Originally posted by ksws0465326 at 2014-07-31 11:45:47
个人认为,首先楼主应确认overlap两个片段,A片段下游与B片段上游部分的序列是否相同,个人觉得应该有20-40bp左右的共同序列才能进行重叠;其次,在设计和成AB两个片段时,pcr产物是否单一,浓度多少,考虑是否要进 ...

嗯嗯,序列确认过了,没问题的,片段也很纯,只是没测过浓度。很好的意见,值得参考,谢谢。也祝你一切顺利。
6楼2014-07-31 11:59:13
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泡菜肉丝

实习版主

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
4楼: Originally posted by zhaodahe at 2014-07-31 11:32:21
如果PCR不好弄,可以增加overlap的长度,直接把两个小片段连到一起;或者以较弱的目的片段(750bp)的基础上再一次尝试扩增,反正750bp不容易产生突变。...

嗯,我试过用750的,效果更不好,另外做温度梯度感觉都一样,所以我觉得问题主要在模板浓度和引物浓度不适合,需要调整一下,多谢哈。
7楼2014-07-31 12:02:37
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zhaodahe

主管区长

优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!优秀!!有木有!!!

引用回帖:
7楼: Originally posted by 泡菜肉丝 at 2014-07-31 12:02:37
嗯,我试过用750的,效果更不好,另外做温度梯度感觉都一样,所以我觉得问题主要在模板浓度和引物浓度不适合,需要调整一下,多谢哈。...

不用谢!
8楼2014-07-31 12:04:34
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smdsfy

实习版主

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【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-31 20:22:12
两个片段要切胶纯化,而且要看得见条带,最好测一下浓度,把握好两个片段的比例,然后再一起P,祝你成功!
10楼2014-07-31 16:19:07
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