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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 随机引物设计
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物理庸者

新虫 (初入文坛)

[求助] 随机引物设计 已有1人参与

请问高手： 我知道某一细菌的全基因组序列，现在想做mRNA 差异表达，不知道怎么设计引物，使该引物在基因组中出现的频次最高，这样就会PCR出好多条带。有什么软件吗？或者有其它方法吗？还有人说直接从生工随便买几条随机的引物就可以。  现在很迷惑啊，就要做实验了，各位帮帮忙啊！
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1楼 2014-07-21 15:26:52
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huay13

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
先用blast比对出基因组里的相似序列，再用pp5设计那段序列的引物
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食品是个坑
2楼2014-07-22 10:18:18
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物理庸者

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by huay13 at 2014-07-22 10:18:18
先用blast比对出基因组里的相似序列，再用pp5设计那段序列的引物

你好， 怎么比对啊？ 麻烦可以说的详细点吗？  我是新手啊，谢谢
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3楼2014-07-22 11:11:45
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huay13

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 物理庸者 at 2014-07-22 11:11:45
你好， 怎么比对啊？ 麻烦可以说的详细点吗？  我是新手啊，谢谢...

你是想用一对引物从cDNA上p出很多个条带，那你就要找相似序列，用DNAMAN，也可以网上用ncbi的blast找，根据那段相似序列用prime5设计引物或者oligo都可以
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食品是个坑
4楼2014-07-23 21:47:13
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