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物理庸者

新虫 (初入文坛)

[求助] 随机引物设计 已有1人参与

请问高手: 我知道某一细菌的全基因组序列,现在想做mRNA 差异表达,不知道怎么设计引物,使该引物在基因组中出现的频次最高,这样就会PCR出好多条带。有什么软件吗?或者有其它方法吗?还有人说直接从生工随便买几条随机的引物就可以。  现在很迷惑啊,就要做实验了,各位帮帮忙啊!
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huay13

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
先用blast比对出基因组里的相似序列,再用pp5设计那段序列的引物
食品是个坑
2楼2014-07-22 10:18:18
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物理庸者

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by huay13 at 2014-07-22 10:18:18
先用blast比对出基因组里的相似序列,再用pp5设计那段序列的引物

你好, 怎么比对啊? 麻烦可以说的详细点吗?  我是新手啊,谢谢
3楼2014-07-22 11:11:45
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huay13

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 物理庸者 at 2014-07-22 11:11:45
你好, 怎么比对啊? 麻烦可以说的详细点吗?  我是新手啊,谢谢...

你是想用一对引物从cDNA上p出很多个条带,那你就要找相似序列,用DNAMAN,也可以网上用ncbi的blast找,根据那段相似序列用prime5设计引物或者oligo都可以
食品是个坑
4楼2014-07-23 21:47:13
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