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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)

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[求助] VMD显示Lammps轨迹文件.lammpstrj

利用VMD显示lammps模拟水溶液的轨迹文件，存在如下问题，请各位大神帮忙：

1. 利用CPK显示，由于周期性边界，有些盒子边界的H-O键，跨过整个盒子，请问如何去除这些键？

2 水中H-H之间没键，但VMD上H-H之间却显示成键，请问这个如何去除？

3. H，O原子半径大小显示相同，实际上O的半径要大，如何设定H,O的半径？
我试图用VMD-graphics-representations-create rep-selected atoms来选择H，O，但选择不上，请问selected atoms选项如何输入才能选择上某个原子？我查看了下手册，没搞明白。

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LiveandLearn

1楼 2014-07-15 05:24:32

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放逐孤岛

铜虫 (小有名气)

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在CPK格式下，设置Bond Radius为0，即可让所有的键直径都变为0。lammps生成的轨迹文件不包含键的信息，所以VMD会将原子距离低于预设值的原子之间形成键。
若想形成完美的水分子，可按照下方法设置。首先设置CPK的Bond Radius为0，然后Create Rep，设置样式为Bonds，调整Bond Radius和Bond Resolution，前者为键直径，后者为形成键的长度（低于该长度可成键）。将这两个参数调整到合适的值，就能产生完美的水分子。