| 查看: 3983 | 回复: 5 | |||
xueyiran2007铜虫 (小有名气)
|
[求助]
VMD显示Lammps轨迹文件.lammpstrj
|
利用VMD显示lammps模拟水溶液的轨迹文件，存在如下问题，请各位大神帮忙： 1. 利用CPK显示，由于周期性边界，有些盒子边界的H-O键，跨过整个盒子，请问如何去除这些键？ 2 水中H-H之间没键，但VMD上H-H之间却显示成键，请问这个如何去除？ 3. H，O原子半径大小显示相同，实际上O的半径要大，如何设定H,O的半径？ 我试图用VMD-graphics-representations-create rep-selected atoms来选择H，O，但选择不上，请问selected atoms选项如何输入才能选择上某个原子？我查看了下手册，没搞明白。 |
回复此楼» 猜你喜欢
假如你的研究生提出不合理要求
已经有8人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
-
参与限项
已经有3人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Ubuntu下安装lammps单机版（no MPI，no FFT）几点心得
已经有5人回复
- lammps-vmd可视化问题
已经有12人回复
- Lammps对单晶铜进行弛豫，体积忽然增大，内存异常，vmd查看发现体积基本不变
已经有13人回复
- LAMMPS的轨迹文件怎么转换为VMD的PDB文件
已经有7人回复
- 【求助】关于LAMMPS建模
已经有9人回复
- 经过MS模型导入到LAMMPS，在运算时出现的错误求助
已经有22人回复
- lammps中tools的lmp2VMD
已经有11人回复
- dump出文件显示问题
已经有16人回复
- lammps文件可视化问题
已经有14人回复
- 关于VMD可视化的问题
已经有5人回复
- Lammps trajectory----use VMD to make molecules whole again
已经有3人回复
2楼2014-07-15 19:14:57
mileyfan
新虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 221.8
- 帖子: 53
- 在线: 42.4小时
- 虫号: 3333003
- 注册: 2014-07-21
- 专业: 气体放电与放电等离子体技
3楼2015-07-23 09:45:49
4楼2015-11-10 18:41:41
5楼2019-03-11 10:38:45
6楼2019-04-04 18:18:36