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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » Lammps对单晶铜进行弛豫，体积忽然增大，内存异常，vmd查看发现体积基本不变
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铁虫 (小有名气)

[交流] Lammps对单晶铜进行弛豫，体积忽然增大，内存异常，vmd查看发现体积基本不变

Lammps对单晶铜进行弛豫，体积忽然增大，内存异常，vmd查看发现体积基本不变
in.文件
boundary      p s s
units         metal
atom_style    atomic
dimension     3
neighbor      2.0 bin
neigh_modify  delay 2  every 1 check yes
lattice       fcc 3.61
region        box block 0 50 0 8 0 8
create_box    1 box
create_atoms  1 box
mass    1     63.546
pair_style    eam
pair_coeff    * * Cu_u3.eam
region        1 block INF 1 INF INF INF INF
region        2 block  49 INF INF INF INF INF
group         left region 1
group         right region 2
group         boundary union left right
group         mobile subtract all left
velocity      left set 0.0 0.0 0.0
dump          1 all atom 1000 dump.tensilecy
min_style     sd
minimize      1.0e-6 1.0e-6 1000 10000
fix           1 left setforce 0.0 0.0 0.0
fix           2 all npt temp 300 300 1 x 0.0 0.0 10.0 drag 1.0
thermo        1000
timestep      0.002
run           40000
unfix         2
fix           2 all npt temp 300 300 100 x 0.0 0.0 10.0 drag 1.0
thermo        1000
timestep      0.002
run           900000
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1楼 2014-04-16 10:05:39
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LoogCat

铁虫 (小有名气)
这是log.lammps节选，注意看体积

Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume
      18            0   -49378.795            0   -49378.795   -6164.8198    150605.84
    1000   0.45223645   -49386.082            0   -49385.237    2869.3729    151177.94
    2000   0.57759116   -49386.146            0   -49385.067    1705.1691    151070.95
    3000   0.33780927   -49385.572            0   -49384.941   -2671.7007    151591.32
    4000   0.54744326   -49385.707            0   -49384.685    2425.0867    151184.86
    5000   0.42734047   -49385.138            0    -49384.34    1324.4183    151304.81
    6000   0.86955454   -49385.566            0   -49383.942   -1030.2842    151396.07
    7000    1.1855729   -49385.585            0   -49383.371   -159.47812    151218.82
    8000   0.36932477   -49383.452            0   -49382.763    737.70227    151373.52
    9000    1.4662099   -49384.774            0   -49382.036    2613.6322    151288.13
   10000     1.452977    -49383.81            0   -49381.096   -2961.8532    151261.46

162000    234.05201    -48938.13            0   -48500.996    1.1038044     45028214
  163000    235.09357   -48939.338            0   -48500.259    1.9062508     55275552
  164000     235.2918   -48938.924            0   -48499.474    1.1257734     66660988
  165000    234.81924   -48937.091            0   -48498.524    1.9495717     79076780
  166000    235.23918   -48936.756            0   -48497.404    1.0188536     92576157
  167000    235.87078   -48937.187            0   -48496.656   0.86478718 1.0707122e+008
  168000    234.07718   -48932.856            0   -48495.675    1.5178809 1.2278885e+008
  169000    237.49678    -48938.25            0   -48494.682   0.13009604 1.39491e+008
  170000    236.90531   -48936.121            0   -48493.657   0.70412912 1.5726214e+008
  171000      238.052   -48937.512            0   -48492.907   0.87707694 1.7615027e+008
  172000    236.02368   -48932.827            0    -48492.01   0.36352686 1.9607194e+008
  173000    237.87262   -48935.283            0   -48491.013   0.80397188 2.1721185e+008
  174000    237.01942   -48933.096            0    -48490.42    0.4301443 2.3935476e+008
  175000     238.9466   -48935.857            0   -48489.581   0.30945729 2.6243948e+008
578000    302.19562   -48813.754            0   -48249.349 0.00022910398 1.1628557e+011
  579000    301.14041   -48811.654            0    -48249.22 0.00053320759 1.1688413e+011
  580000    302.47615   -48813.853            0   -48248.924 0.0010284753 1.1742004e+011
  581000    300.12744   -48809.201            0   -48248.659 -0.00012519914 1.1806627e+011
  582000    303.41966   -48815.273            0   -48248.582 0.00077048549 1.1866284e+011
  583000     301.2745   -48810.934            0    -48248.25 0.0011728037 1.1912864e+011
  584000    302.59644   -48812.846            0   -48247.693 0.00028203596 1.1977793e+011
  585000    302.99819    -48813.33            0   -48247.427 0.0014828182 1.2043815e+011
  586000    304.26608   -48815.438            0   -48247.166 0.0011446647 1.2093686e+011
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2楼2014-04-16 10:07:35
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LoogCat

铁虫 (小有名气)
内存不稳定！
Lammps对单晶铜进行弛豫，体积忽然增大，内存异常，vmd查看发现体积基本不变
内存.PNG
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3楼2014-04-16 10:09:19
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LoogCat

铁虫 (小有名气)
最后一帧模拟图像
Lammps对单晶铜进行弛豫，体积忽然增大，内存异常，vmd查看发现体积基本不变-1
最后一帧.PNG
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4楼2014-04-16 10:12:12
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LoogCat

铁虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币-5, 警告！请注意文明交流！ 2014-05-16 20:14:28
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiejf at 2014-04-16 10:30:52
1

【编辑by月只蓝】
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8楼2014-04-16 10:39:24
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pxjdal

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
是因为边界为自由边界么？
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11楼2014-05-14 23:34:34
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pxjdal

新虫 (小有名气)
用三个方向都是周期性边界弛豫试试。
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12楼2014-05-14 23:35:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

LoogCat

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by pxjdal at 2014-05-14 23:35:34
用三个方向都是周期性边界弛豫试试。

可是我要有表面效应啊，全都周期了怎么体现呢？
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13楼2014-05-16 10:47:26
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xyq028565

捐助贵宾 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by LoogCat at 2014-04-16 10:07:35
这是log.lammps节选，注意看体积

Step Temp E_pair E_mol TotEng Press Volume
      18            0   -49378.795            0   -49378.795   -6164.8198    150605.84
    1000   0.45223645   -49386. ...

楼主想问下如果想在弛豫中计算原子的应力应变应该怎么修改in文件，我在你的in文件基础上修改了下boundary      p s s
units         metal
atom_style    atomic
dimension     3
neighbor      2.0 bin
neigh_modify  delay 2  every 1 check yes
lattice       fcc 3.61
region        box block 0 50 0 8 0 8
create_box    1 box
create_atoms  1 box
mass    1     63.546
pair_style    eam
pair_coeff    * * Cu_u3.eam
compute       csym all centro/atom fcc
compute       peratom all pe/atom
region        1 block INF 1 INF INF INF INF
region        2 block  49 INF INF INF INF INF
group         left region 1
group         right region 2
group         boundary union left right
group         mobile subtract all left
velocity      left set 0.0 0.0 0.0
dump          1 all xyz 1000 dump.tensilecy.xyz
min_style     sd
minimize      1.0e-6 1.0e-6 1000 10000
fix           1 left setforce 0.0 0.0 0.0
fix           2 all npt temp 300 300 1 x 0.0 0.0 10.0 drag 1.0
thermo        1000
thermo_style  custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp
variable tmp equal "lx"
variable L0 equal ${tmp}
print "Initial Length, L0: ${L0}"
variable strain equal "(lx - v_L0)/v_L0"
variable p1 equal "v_strain"
variable p2 equal "-pxx/10000"
variable p3 equal "-pyy/10000"
variable p4 equal "-pzz/10000"
fix def1 all print 100 "${p1} ${p2} ${p3} ${p4}" file Al_SC_100.def1.txt screen no
timestep      0.002
run           40000
unfix         2
fix           2 all npt temp 300 300 100 x 0.0 0.0 10.0 drag 1.0
thermo        1000
timestep      0.002
run           900000
得到的应变值为负数，希望楼主帮助
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14楼2016-03-09 15:26:11
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xiejf5楼
2014-04-16 10:30   回复  
LoogCat(金币+1): 谢谢参与
1
kiss200855376楼
2014-04-16 10:34   回复  
LoogCat(金币+1): 谢谢参与
wuer4130237楼
2014-04-16 10:36   回复  
LoogCat(金币+1): 谢谢参与
cxjzly20089楼
2014-04-16 10:40   回复  
LoogCat(金币+1): 谢谢参与
443638210楼
2014-04-16 11:13   回复  
LoogCat(金币+1): 谢谢参与
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