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xueyiran2007

铜虫 (小有名气)

[求助] VMD显示Lammps轨迹文件.lammpstrj

利用VMD显示lammps模拟水溶液的轨迹文件，存在如下问题，请各位大神帮忙：

VMD显示Lammps轨迹文件.lammpstrj

1. 利用CPK显示，由于周期性边界，有些盒子边界的H-O键，跨过整个盒子，请问如何去除这些键？

2 水中H-H之间没键，但VMD上H-H之间却显示成键，请问这个如何去除？

3. H，O原子半径大小显示相同，实际上O的半径要大，如何设定H,O的半径？
我试图用VMD-graphics-representations-create rep-selected atoms来选择H，O，但选择不上，请问selected atoms选项如何输入才能选择上某个原子？我查看了下手册，没搞明白。
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1楼 2014-07-15 05:24:32
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mileyfan

新虫 (小有名气)
楼主，想请教下这个问题你解决了么？
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3楼2015-07-23 09:45:49
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luzihen

金虫 (正式写手)
同问，有结果麻烦顺便回复我一下。
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2楼2014-07-15 19:14:57
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lixiaowei

银虫 (小有名气)
同问，楼主第一个问题解决了吗？
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4楼2015-11-10 18:41:41
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yaopopo_1

新虫 (初入文坛)
同问，楼主问题解决了吗？
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5楼2019-03-11 10:38:45
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