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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 这样的高斯计算可否？
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小楼丁丁

金虫 (正式写手)

[求助] 这样的高斯计算可否？ 已有2人参与

小虫是高斯计算的菜菜鸟，目前碰到一个问题，望各位大神给予解决。问题解决后金币可加。
菜鸟目前想要购买几种化合物。化合物是带有N和COOH的卤代芳香化合物，故在不同pH条件下，分子的带电量不一致。所以我想用高斯计算分别计算电量为，0，-1，+1条件下不同位置上C-X键的键能。然后用此指导购买化合物，不知可不可行？高斯计算所用的方法和基组参照文献。分别进行opt+Freq的计算。
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我要稳稳的幸福！
1楼 2014-07-09 14:09:17
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
看起来不是很好操作，因为gaussian其实没有键的概念。所以键能怎么算啊，先算整个分子再把C-X键和它们的距离都拆开吗？那样需要冻结拆开以后的C-X的距离，否则优化又会把这个键连回去的。其次，Gaussian里的电荷只能分布在整个体系当中（而不能指定多少电荷在哪个fragment上），所以拆开键后放在同一个输入文件里的计算应当是不精确的。
可以试试看先算整个分子，然后断键之后拆成两个fragment分别计算，注意电荷守恒。

此外我不懂带电量和键能如何指导购买这些化合物，用键能推断稳定性？
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16届本科在北美
2楼2014-07-09 23:25:42
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小楼丁丁

金虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 23:25:42
看起来不是很好操作，因为gaussian其实没有键的概念。所以键能怎么算啊，先算整个分子再把C-X键和它们的距离都拆开吗？那样需要冻结拆开以后的C-X的距离，否则优化又会把这个键连回去的。其次，Gaussian里的电荷只能 ...

用不同位置上C-X键的键能理论上指导脱X的顺序。比如一个3,6-二氯苯甲酸，通过计算3,6-二氯苯甲酸的热力学常数，和3-氯苯甲酸，5-氯苯甲酸的热力学常数。相减得到不同位置上C-X键的键能。
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我要稳稳的幸福！
3楼2014-07-10 12:12:22
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oinkmasta

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小楼丁丁 at 2014-07-09 16:12:22
用不同位置上C-X键的键能理论上指导脱X的顺序。比如一个3,6-二氯苯甲酸，通过计算3,6-二氯苯甲酸的热力学常数，和3-氯苯甲酸，5-氯苯甲酸的热力学常数。相减得到不同位置上C-X键的键能。...

懂了，谢谢说明！
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16届本科在北美
4楼2014-07-10 12:19:41
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小楼丁丁

金虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-10 12:19:41
懂了，谢谢说明！...

我想问的是这样子可行吗？
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我要稳稳的幸福！
5楼2014-07-10 13:58:46
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小楼丁丁: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-07-11 19:34:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小楼丁丁 at 2014-07-09 17:58:46
我想问的是这样子可行吗？...

用Gaussian算 反应物 和 各种过渡态 的能量进行比较，看哪一种过渡态（也就是脱哪一个取代基）最容易达到，理论上可以。当然这只考虑了动力学角度，热力学方面还需要算产物的能量。

上面方法的操作就是按charge＝0,＋1,－1分别执行 1）opt各取代型的反应物和产物 2）优化出来的反应物／产物一一配对做qst2或qst3 3）画反应能量图来比较

工作量还是挺大的。
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16届本科在北美
6楼2014-07-10 23:03:51
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小楼丁丁: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-11 19:35:03
基本是可以选择的，但是只能相对的，还有考虑不同条件下
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快乐吧
7楼2014-07-10 23:57:00
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