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小楼丁丁

金虫 (正式写手)

[求助] 这样的高斯计算可否?已有2人参与

小虫是高斯计算的菜菜鸟,目前碰到一个问题,望各位大神给予解决。问题解决后金币可加。
菜鸟目前想要购买几种化合物。化合物是带有N和COOH的卤代芳香化合物,故在不同pH条件下,分子的带电量不一致。所以我想用高斯计算分别计算电量为,0,-1,+1条件下不同位置上C-X键的键能。然后用此指导购买化合物,不知可不可行?高斯计算所用的方法和基组参照文献。分别进行opt+Freq的计算。
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我要稳稳的幸福!
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
看起来不是很好操作,因为gaussian其实没有键的概念。所以键能怎么算啊,先算整个分子再把C-X键和它们的距离都拆开吗?那样需要冻结拆开以后的C-X的距离,否则优化又会把这个键连回去的。其次,Gaussian里的电荷只能分布在整个体系当中(而不能指定多少电荷在哪个fragment上),所以拆开键后放在同一个输入文件里的计算应当是不精确的。
可以试试看先算整个分子,然后断键之后拆成两个fragment分别计算,注意电荷守恒。

此外我不懂带电量和键能如何指导购买这些化合物,用键能推断稳定性?
16届本科在北美
2楼2014-07-09 23:25:42
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小楼丁丁

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-09 23:25:42
看起来不是很好操作,因为gaussian其实没有键的概念。所以键能怎么算啊,先算整个分子再把C-X键和它们的距离都拆开吗?那样需要冻结拆开以后的C-X的距离,否则优化又会把这个键连回去的。其次,Gaussian里的电荷只能 ...

用不同位置上C-X键的键能理论上指导脱X的顺序。比如一个3,6-二氯苯甲酸,通过计算3,6-二氯苯甲酸的热力学常数,和3-氯苯甲酸,5-氯苯甲酸的热力学常数。相减得到不同位置上C-X键的键能。
我要稳稳的幸福!
3楼2014-07-10 12:12:22
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小楼丁丁 at 2014-07-09 16:12:22
用不同位置上C-X键的键能理论上指导脱X的顺序。比如一个3,6-二氯苯甲酸,通过计算3,6-二氯苯甲酸的热力学常数,和3-氯苯甲酸,5-氯苯甲酸的热力学常数。相减得到不同位置上C-X键的键能。...

懂了,谢谢说明!
16届本科在北美
4楼2014-07-10 12:19:41
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小楼丁丁

金虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by oinkmasta at 2014-07-10 12:19:41
懂了,谢谢说明!...

我想问的是这样子可行吗?
我要稳稳的幸福!
5楼2014-07-10 13:58:46
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oinkmasta

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小楼丁丁: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-07-11 19:34:47
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小楼丁丁 at 2014-07-09 17:58:46
我想问的是这样子可行吗?...

用Gaussian算 反应物 和 各种过渡态 的能量进行比较,看哪一种过渡态(也就是脱哪一个取代基)最容易达到,理论上可以。当然这只考虑了动力学角度,热力学方面还需要算产物的能量。

上面方法的操作就是按charge=0,+1,-1分别执行 1)opt各取代型的反应物和产物 2)优化出来的反应物/产物一一配对做qst2或qst3 3)画反应能量图来比较

工作量还是挺大的。
16届本科在北美
6楼2014-07-10 23:03:51
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小楼丁丁: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-07-11 19:35:03
基本是可以选择的,但是只能相对的,还有考虑不同条件下
快乐吧
7楼2014-07-10 23:57:00
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