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tewithte

新虫 (初入文坛)

[求助] southern杂交--以含有探针的质粒杂交,为什么能杂出两条带。 已有1人参与

杂交是使用了含有探针序列的质粒进行杂交对比,质粒和探针上都是应该没有酶切位点的,但是杂出了两条带,而且有一条特别亮,位置大约在500-1000bp左右,是不是浓度很高的DNA也可以非特异性杂交上?用的是罗氏DIG试剂盒。。
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wopopwz123

捐助贵宾 (小有名气)

你好,你这个问题很明显,如果是质粒与探针进行杂交的话,会出现3条带,线性、环形和开环的三个结构。如果是酶切好的,应该会出现一条带,但是你的酶切质粒是否纯化?如果纯化不干净,还会有这样的情况。过几天我会讲一个视频来说一下southern,各种各样的问题都会在里面讲,我经常做分子杂交。
3楼2014-07-29 02:15:31
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bingbing2001

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-07-02 12:26:37
gyesang: 应助指数+1 2014-07-15 22:24:50
你给的信息太少,不知道该怎么帮你。
既然用质粒杂交,应该考虑到质粒的三种不同形态,可能位置会不同,可以考虑用酶切后的质粒杂交。
不知道能否解决你的问题。
2楼2014-07-02 08:45:35
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豆豆龙9052

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wopopwz123 at 2014-07-29 02:15:31
你好,你这个问题很明显,如果是质粒与探针进行杂交的话,会出现3条带,线性、环形和开环的三个结构。如果是酶切好的,应该会出现一条带,但是你的酶切质粒是否纯化?如果纯化不干净,还会有这样的情况。过几天我会 ...

我做的是斑点杂交,探针用的是随机引物法,也是用罗氏的kit I ,用构建的质粒PCR产物来标记,目的片段为689bp左右,后来做了很多次都是只能检测到质粒,阳性样品无法检测到,愁苦~~
4楼2014-07-30 10:00:07
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bxyoung

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wopopwz123 at 2014-07-29 02:15:31
你好,你这个问题很明显,如果是质粒与探针进行杂交的话,会出现3条带,线性、环形和开环的三个结构。如果是酶切好的,应该会出现一条带,但是你的酶切质粒是否纯化?如果纯化不干净,还会有这样的情况。过几天我会 ...

请教一下,我们最近做suothern一直是样品杂不出带,阳性能杂出,我们一直怀疑是酶切不够好,我们用的是:DNA20ug,酶1/10总体积,buffer1/10总体积,ddH2O补齐500ul。请问你的酶切体系是怎么样的?还有你的探针是随机标记的还是PCR标记的?
天道酬勤
5楼2014-10-20 09:16:05
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