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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请问我这个体系是否需要进行自由能的计算？？？
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] 请问我这个体系是否需要进行自由能的计算？？？

请教一下，我现在有这样一个体系，想知道是否需要进行自由能的计算？？
一个蛋白A，把蛋白A上某个位点的氨基酸突变后成了蛋白B，分别对蛋白A和B进行分子动力学模拟，用的Gromacs，模拟了20ns，用spc水分子做的溶液。想看一下蛋白A和蛋白B（其实就是突变前后）结构上的变化。很简单一个体系，我刚接触分子模拟这一块，弱弱的问一下，这个体系模拟完后的后续分析，有必要进行自由能的计算吗？？或者说，我这个体系适合做自由能的计算吗？？
感谢！！！
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1楼 2014-06-16 15:52:57
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
2楼2014-06-17 10:33:51
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
顶！！！！
3楼2014-06-17 16:35:09
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 鼓励交流！ 2014-06-19 14:49:51
你想通过自由能得到什么信息？还有，你想算什么自由能？是溶解自由能，还是和配体的binding free energy？

如果你想比较A和B结构上的不同，那么RMSD，rdf什么的可以给你提供一些信息，关于蛋白质的结构分析应该还有其他的一些可以计算的性质来表征结构，你可以看看别人模拟蛋白的是怎么分析数据表征结构的。
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4楼2014-06-18 11:44:53
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2014-06-18 11:44:53
你想通过自由能得到什么信息？还有，你想算什么自由能？是溶解自由能，还是和配体的binding free energy？

如果你想比较A和B结构上的不同，那么RMSD，rdf什么的可以给你提供一些信息，关于蛋白质的结构分析应该还 ...

我想比较蛋白A和蛋白B的自由能大小（即对外做功的差异），不知道这样能说明2个蛋白在结构上的变化吗？？
然后，就是不知道有什么这样类似的经典例子以供参考呢？？谢谢。。
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5楼2014-06-18 14:53:19
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