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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » 【求助】请问分子最小能量结果怎么不一致？
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yuzhouren

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】请问分子最小能量结果怎么不一致？ 已有2人参与

这个问题可能比较弱弱~我从没有接触过~
请问各位大虾我用MM2,GAMESS,MMFF94计算某一分子的能量怎么不一样呢，谢谢！

有两个审稿人说了要用理论计算什么的，我不懂，请看
reviewer 1:........In figure 3, where do the relative energies come from? There is no justification or explanation...........Even a quick RHF/3-21G calculation would go a long way
here.


reviewer 2:The intuitive ideas used by the authors in the formulation of the proposed mechanism might be correct, but these should have been verified through quantum-chemical calculations at an appropriate level of theory, for example, DFT.

还请各位大虾给予指点，谢谢！
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1楼 2010-09-06 01:49:00
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yuzhouren

至尊木虫 (职业作家)
没有人回答么？
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2楼2010-09-06 11:19:41
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
luoqiquan(金币+1):thank you 2010-09-06 15:34:13
yuzhouren(金币+2):我在原文中没有计算分子的最小自由能，现在让我加上 2010-09-07 00:21:14
你计算一个分子的能量不可行吧？一般是计算反应的相对能量。
审稿人说你的相对能量的数据没有具体的东西说明是如何得来的。他建议你用计算的具体数据来说明
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3楼2010-09-06 13:12:14
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★ ★
mingdong(金币+3):感谢交流！ 2010-09-06 16:24:47
yuzhouren(金币+3):谢谢指教，我是打算再加一个进去的 2010-09-07 00:22:27
饿 补充一下 你用的方法不同计算出来的能量肯定不一样，因为采取的模型，近似原理都不同。建议采用比较精确的方法，也就是调用大基组。 RHF/3-21G 就是采用HF(
hartree fock)方法调用3-21G基组进行计算。很多计算软件都可以完成这个计算。你只要在文章中注明你是如何得到的应该就可以了。
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4楼2010-09-06 15:52:51
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yuzhouren

至尊木虫 (职业作家)
比如我计算机理中的一个分子自由能，我用MM2的方法计算比如是6kcal/mol,我用MMFF94计算的结果是40kcal/mol，而用GAMESS计算的结果居然是负值，达到负的几万kcal/mol，不知道用哪个结果比较好，还请指教一二，谢谢！

[ Last edited by yuzhouren on 2010-9-7 at 01:48 ]
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5楼2010-09-07 00:27:00
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-07 10:01:24
yuzhouren(金币+2):单位没有搞错，都是kcal/mol，我是用chembiooffice计算的，我计算的体系有45个左右的原子，这样是不是有点大了，谢谢！ 2010-09-07 10:54:52
第一是不是你单位搞错了，一般不同方法数值不会差这么大。
第二你计算的体系有多大，如果不大的话最好不要用MM方法来算，用量化的方法比较精确一点。
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6楼2010-09-07 08:50:06
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
yuzhouren(金币+2):我用了GAMMES算的，里面有个 RHF/3-21G calculation，不过结果数值达到负的几万kcal/mol 2010-09-08 14:57:17
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-08 15:04:07
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-09-07 08:50:06:
第一是不是你单位搞错了，一般不同方法数值不会差这么大。
第二你计算的体系有多大，如果不大的话最好不要用MM方法来算，用量化的方法比较精确一点。

45个原子不算太大 完全可以用QM来运算。目前比较流行DFT方法，可以尝试一下 基组6-31g**应该可以满足
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7楼2010-09-07 12:30:36
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-08 16:33:59
yuzhouren(金币+1):我是在计算多个反应的势能，看看反应是朝着哪个方向进行，如果哪个势能小，就从哪个方向进行，我是比较这个的，但是，正如你所说的那样，前后两个物质的最小能量我可以算算，可是过渡态那个不知道怎么算，不然就可以直接算出来活化能了，谢谢关注，关于金币我可以再次补加！ 2010-09-08 16:46:24
很重要的一点 应该比较的是relative energy 貌似楼主一直是拿直接计算得到的数值在说
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8楼2010-09-08 15:21:09
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manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-08 21:38:41
你的意思是你想从几个反应路径中找出最优的一条来？如果是这样的话，你单单比较势能不准确吧，还是要找出过渡态得到每条反应路径的energy barrier比较，才有说服力。
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9楼2010-09-08 16:50:43
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yuzhouren

至尊木虫 (职业作家)
谢谢，那这个势能垒怎么能得到呢，关键是那个过渡态的能量不知道如何计算，不然前后一减就知道了啊~
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10楼2010-09-08 21:26:16
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