应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » 【求助】请问分子最小能量结果怎么不一致？
91/1返回列表
查看: 1634  |  回复: 12
查看全部回帖@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yuzhouren

至尊木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】请问分子最小能量结果怎么不一致？已有2人参与

这个问题可能比较弱弱~我从没有接触过~
请问各位大虾我用MM2,GAMESS,MMFF94计算某一分子的能量怎么不一样呢，谢谢！

有两个审稿人说了要用理论计算什么的，我不懂，请看
reviewer 1:........In figure 3, where do the relative energies come from? There is no justification or explanation...........Even a quick RHF/3-21G calculation would go a long way
here.


reviewer 2:The intuitive ideas used by the authors in the formulation of the proposed mechanism might be correct, but these should have been verified through quantum-chemical calculations at an appropriate level of theory, for example, DFT.

还请各位大虾给予指点，谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2010-09-06 01:49:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
luoqiquan(金币+1):thank you 2010-09-06 15:34:13
yuzhouren(金币+2):我在原文中没有计算分子的最小自由能，现在让我加上 2010-09-07 00:21:14
你计算一个分子的能量不可行吧？一般是计算反应的相对能量。
审稿人说你的相对能量的数据没有具体的东西说明是如何得来的。他建议你用计算的具体数据来说明
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
3楼2010-09-06 13:12:14
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★ ★
mingdong(金币+3):感谢交流！ 2010-09-06 16:24:47
yuzhouren(金币+3):谢谢指教，我是打算再加一个进去的 2010-09-07 00:22:27
饿 补充一下 你用的方法不同计算出来的能量肯定不一样，因为采取的模型，近似原理都不同。建议采用比较精确的方法，也就是调用大基组。 RHF/3-21G 就是采用HF(
hartree fock)方法调用3-21G基组进行计算。很多计算软件都可以完成这个计算。你只要在文章中注明你是如何得到的应该就可以了。
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
4楼2010-09-06 15:52:51
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-07 10:01:24
yuzhouren(金币+2):单位没有搞错，都是kcal/mol，我是用chembiooffice计算的，我计算的体系有45个左右的原子，这样是不是有点大了，谢谢！ 2010-09-07 10:54:52
第一是不是你单位搞错了，一般不同方法数值不会差这么大。
第二你计算的体系有多大，如果不大的话最好不要用MM方法来算，用量化的方法比较精确一点。
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
6楼2010-09-07 08:50:06
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
yuzhouren(金币+2):我用了GAMMES算的，里面有个 RHF/3-21G calculation，不过结果数值达到负的几万kcal/mol 2010-09-08 14:57:17
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-08 15:04:07
引用回帖:
Originally posted by manson1998 at 2010-09-07 08:50:06:
第一是不是你单位搞错了，一般不同方法数值不会差这么大。
第二你计算的体系有多大，如果不大的话最好不要用MM方法来算，用量化的方法比较精确一点。

45个原子不算太大 完全可以用QM来运算。目前比较流行DFT方法，可以尝试一下 基组6-31g**应该可以满足
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
7楼2010-09-07 12:30:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-08 16:33:59
yuzhouren(金币+1):我是在计算多个反应的势能，看看反应是朝着哪个方向进行，如果哪个势能小，就从哪个方向进行，我是比较这个的，但是，正如你所说的那样，前后两个物质的最小能量我可以算算，可是过渡态那个不知道怎么算，不然就可以直接算出来活化能了，谢谢关注，关于金币我可以再次补加！ 2010-09-08 16:46:24
很重要的一点 应该比较的是relative energy 貌似楼主一直是拿直接计算得到的数值在说
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
8楼2010-09-08 15:21:09
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
dongdong3881(金币+1):多谢参与 2010-09-08 21:38:41
你的意思是你想从几个反应路径中找出最优的一条来？如果是这样的话，你单单比较势能不准确吧，还是要找出过渡态得到每条反应路径的energy barrier比较，才有说服力。
赞一下(2人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
9楼2010-09-08 16:50:43
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yuzhouren(金币+2):谢谢！我再学习学习，我对此不甚了解！ 2010-09-09 10:31:41
引用回帖:
Originally posted by yuzhouren at 2010-09-08 21:26:16:
谢谢，那这个势能垒怎么能得到呢，关键是那个过渡态的能量不知道如何计算，不然前后一减就知道了啊~

gaussian有个qst2/qst3方法，就是利用反应物和产物来寻找中间过渡态的方法。只要输入位于过渡态前和后的结构就可以了，不一定非要反应物和产物。具体的可以去查看gaussian手册。
赞一下(1人) 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
11楼2010-09-09 08:43:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

manson1998

金虫 (著名写手)

OLED达人
yuzhouren(金币+3):都是你在回帖，后面也没有人回帖了，剩下的全送给你了，呵呵~ 2010-09-10 16:53:20
引用回帖:
Originally posted by yuzhouren at 2010-09-09 10:33:27:
编辑给的有时间限制，我们小组也没有做过计算，所以也就感觉很难了，不过还是感manson1998的热情回帖~~~~~

不客气 互相帮助 哈哈
赞一下 回复此楼
惺惺相惜情不自禁
13楼2010-09-09 11:21:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuzhouren 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭