24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (4226)
>虫友互识 (436)
>文献求助 (400)
>导师招生 (389)
>论文投稿 (135)
>硕博家园 (128)
>考博 (113)
>休闲灌水 (110)
>博后之家 (100)
>招聘信息布告栏 (98)
>催化 (59)
>公派出国 (56)
>基金申请 (51)
>考研 (51)
>论文道贺祈福 (46)
>教师之家 (45)

返回列表

从现在做起

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 711.1
帖子: 94
在线: 42.4小时
虫号: 1303284
注册: 2011-05-22
性别: GG
专业: 设施园艺学

[求助] auto dock 计算时有包括配位键吗？急

我的蛋白中有金属离子，可以与配体中的氧形成配位键，根据晶体结构坐标使配体在蛋白中处于合适的位置，但是auto dock 计算时，算出来的配体构象偏离原来位置很远，相互作用方式中也没有形成晶体中出现的配位键，与金属离子作用的氧也不是晶体中的那个氧原子。所以请教一下，auto dock软件中把配位键列入其作用方式里面了吗？还是因为我的配体处理的不好，或grid，dock参数不合适导致作用方式不理想？应该怎么改呢？

回复此楼

» 猜你喜欢

2026年机械制造与材料应用国际会议（ICMMMA 2026）已经有4人回复
磺酰氟产物，毕不了业了！已经有6人回复
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？已经有9人回复
Cas 72-43-5需要30g，定制合成，能接单的留言已经有8人回复
北京211副教授，35岁，想重新出发，去国外做博后，怎么样？已经有8人回复
论文终于录用啦！满足毕业条件了已经有25人回复
自荐读博已经有3人回复
不自信的我已经有5人回复
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球已经有8人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？已经有12人回复
Autodock的dlg文件有没有好的分析软件，一个一个另存导入到Pymol太慢了已经有3人回复
如何多配体对接多蛋白？已经有7人回复
linux下的autodock在run autodock时不出现dlg文件已经有8人回复
autodock对接时蛋白的处理问题已经有6人回复
autodock什么时候存在pi-pi interations？已经有9人回复
用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体已经有6人回复
金属配合物稳定常数分子模拟计算已经有7人回复
使用autodock4.2处理分子对接问题，在run autogrid时总是出错，请各位高人指点啊？？已经有10人回复
Autodock时 gridbox的参数怎么设置?? 已经有18人回复
【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享” 已经有82人回复
【求助】已搜索，无：如何使用VMD使配体和受体合并已经有6人回复
【求助】计算机辅助药物设计已经有9人回复
【求助】Autodock运行时无法生成log文件？已经有12人回复
【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？已经有7人回复

1楼 2014-06-08 12:06:11

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

bolix

铁虫 (正式写手)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 464.2
散金: 350
红花: 2
帖子: 398
在线: 98.6小时
虫号: 161415
注册: 2006-01-09
性别: GG
专业: 合成药物化学

我想知道

回复此楼

2楼2014-07-18 10:03:12

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主从现在做起的主题更新

返回列表