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从现在做起

铁虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
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虫号: 1303284
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[求助] auto dock 计算时有包括配位键吗？急

我的蛋白中有金属离子，可以与配体中的氧形成配位键，根据晶体结构坐标使配体在蛋白中处于合适的位置，但是auto dock 计算时，算出来的配体构象偏离原来位置很远，相互作用方式中也没有形成晶体中出现的配位键，与金属离子作用的氧也不是晶体中的那个氧原子。所以请教一下，auto dock软件中把配位键列入其作用方式里面了吗？还是因为我的配体处理的不好，或grid，dock参数不合适导致作用方式不理想？应该怎么改呢？

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1楼2014-06-08 12:06:11

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bolix

铁虫 (正式写手)

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2楼2014-07-18 10:03:12

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