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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请求高手指点：玉米基因启动子序列查找、特定基因上游序列获得方法
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农田耕者

金虫 (小有名气)

[求助] 请求高手指点：玉米基因启动子序列查找、特定基因上游序列获得方法 已有5人参与

知道了玉米的某一个基因，我现在想了解它的上游序列是什么？请问我如何获得该基因上游启动子区域（起始密码子上游2000bp左右）的序列。请求高手指点一二。
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还行
1楼 2014-05-29 15:37:33
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
农田耕者(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-29 20:35:27
用你的基因在玉米基因组中做blast，找到匹配区后，往前延2000bp就是你的启动子序列。
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2楼2014-05-29 16:52:45
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农田耕者

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-29 16:52:45
用你的基因在玉米基因组中做blast，找到匹配区后，往前延2000bp就是你的启动子序列。

能不能再详细一点点，最好有如何往前延伸2000bp的操作步骤
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还行
3楼2014-05-29 18:54:31
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飞约疯人院

专家顾问 (著名写手)

科学怪人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
到这里找，NCBI blast 一下就哦了
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
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人生贵在行动，迟疑不决时，不妨先迈出小小一步。
4楼2014-05-29 19:14:52
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农田耕者

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飞约疯人院 at 2014-05-29 19:14:52
到这里找，NCBI blast 一下就哦了
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/

blast之后呢？
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还行
5楼2014-05-30 08:35:43
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nzhth
6楼2014-05-30 08:50:04
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grase

捐助贵宾 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
农田耕者(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-30 12:59:55
http://blast.maizegdb.org/home.php?a=BLAST_UI
Maize GDB上找吧，全有。
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7楼2014-05-30 11:12:34
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xpkong4516

金虫 (小有名气)
★
农田耕者(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-30 13:00:12
在maizesequence 网站上下载这个基因所在的染色体的全部序列，然后在比对就可以了！
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8楼2014-05-30 11:38:31
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农田耕者

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by xpkong4516 at 2014-05-30 11:38:31
在maizesequence 网站上下载这个基因所在的染色体的全部序列，然后在比对就可以了！

把序列下载下来之后如何比对，这是关键不会的地方
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还行
9楼2014-05-30 16:54:25
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农田耕者

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by grase at 2014-05-30 11:12:34
http://blast.maizegdb.org/home.php?a=BLAST_UI
Maize GDB上找吧，全有。

有没有具体的操作方法，指点一下
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还行
10楼2014-05-30 17:01:23
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